AFLP IV. - vyhodnocování dat
1. malá část pattern získané z automatického sekvenátoru (visualizace pomocí programu Genographer):
- sloupce jsou jednotlivé vzorky (označené A-J)
- řádky označené různobarevnými šipkami jsou jednotlivé interpretovatelné lokusy
2. převedení na 0-1 matici (presence/absence fragmentu)
3. výpočet párových koeficientů genetické vzdálenosti (Nei & Li, Jaccard...) např. pomocí programu TreeCon
4. zkonstruování stromu pomocí shlukovací metody (UPGMA, neigbour-joining...) např. pomocí programu TreeCon
...mnoho dalších způsobů jak hodnotit AFLP data zahrnuje PCoA, AMOVA, výpočet indexů diverzity a DW-indexu...
Akce dokumentů