Metody
Informace o metodách používaných v laboratoři.
- RAPD
- Metoda k určení variability na populační úrovni, definici klonů; k dispozici 40 dekanukleotidových primerů (sada Operon B, M a P); výhodná standardizace při použití ReadyMix (Sigma).
- AFLP
- Vhodná metoda pro populační studie a pro zjištění vztahů na úrovni blízce příbuzných taxonů; vyžaduje počáteční screening pro nalezení optimální kombinace primerů; závěrečná visualizace fluorescenčně značených primerů je prováděna ve spolupráci se sekční sekvenační laboratoř.
- PCR-RFLP
- Metoda k určení variability chloroplastové DNA, definice haplotypů; možno též využít pro studium hybridizace (např. hledání hybridního ITS pattern...); relativně levná metoda umožňující analýzu velkého množství vzorků; potřeba počátečního screeningu pro nalezení variabilních úseků; k dispozici mnoho párů univerzálních chloroplastových primerů a cca 20 restrikčních endonukleáz.
- Sekvenování
- Ve spolupráci se sekční sekvenační laboratoří (sekvenátory ABI 3100 Avant a 3130 Avant); k dispozici např. primery pro sekvenování ITS, trnL-F a mnoha dalších úseků cpDNA (viz sekce Primery).
- Mikrosatelity
- Jaderné mikrosatelity (SSRs): nejlepší marker pro zhodnocení variability na populační úrovni; jsou potřeba druhově specifické primery, tj. metoda použitelná pouze v případě, že pro studovaný druh byly primery již publikovány; po otestování amplifikovatelnosti lze objednat fluorescenčně značené primery a pro hodnocení variability využít automatický sekvenátor v sekční sekvenační laboratoři. Chloroplastové mikrosatelity (cpDNA SSRs): vhodné pro hodnocení variability na úrovni příbuzných druhů, někdy i na vnitrodruhové úrovni; k dispozici 10 párů univerzálních primerů značených fluorescenční barvičkou pro použití na sekvenátoru.
Akce dokumentů