Odkazy
Odkazy na často používaný software, webové služby, atd.
Software
Práce se sekvencemi
- FinchTV - prohlížení sekvencí
- BioEdit - editace sekvencí a mnohem víc...
- ClustalX - základní alignment sekvencí
- Primer3 - navrhování primerů
- CAP3 - vytváření contigů
- SeqState - automatické kodování indelů
Práce s AFLP a mikrosatelitovými primárními daty
Konstrukce stromů, koordinační analýzy a další programy...
- TreeCon - výpočet a grafické zobrazení dendrogramů (sekvence, dominantní i kodominantní data)
- FAMD - stromy, PCoA, AMOVA, Shannonův index, zacházení s chybějícími daty...
- PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony and other methods) - analýzy založené na vzdálenostech, parsimonii a maximal likelihood
- MrBayes - Bayesovská metoda ke zjištění fylogenetických vztahů
- TCS - konstrukce haplotypových sítí pomocí statistické parsimonie (pouze pro sekvence)
Vyhodnocování populačních dat
- Arlequin - AMOVA (Analýza MOlekulární VAriance) a další metody genetické analýzy populací a jedinců
- PopGene - výpočet populačně genetických parametrů pro kodominantní i dominantní data (RAPD, AFLP ...)
- FSTAT - výpočet populačně genetických parametrů z alelických dat (isozymy, mikrosatelity)
- Hickory - Bayesovská analýza geografické struktury genetických dat
- MSA - populačně genetické parametry specifické pro mikrosatelity
- BAPS (Bayesian Analysis of Population Structure) - Bayesovské clusterování populací a jedinců pro kodominantní i dominantní markery
- SPAGeDi (Spatial Pattern Analysis of Genetic Diversity) - analýza prostorové genetické struktury populací a jedinců (i pro dominantní markery a různé ploidní úrovně)
Konverze souborů
- FORCON (součást instalece TreeCon)
- PGDSpider
- CONVERT, Formatomatic, Create - konverze do formátů POPGEN, Arlequin, Structure, BAPS, Phylip, MSA, SPAGeDi, FSTAT ad.
Webové služby
- NCBI (National Center for Biotechnology Information) - databáze sekvencí
- BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) - hledání podobných sekvencí
- Sequence Manipulation Suite - manipulace se sekvencemi ve formátu FASTA (reverse-complement
- CAP3 (contig assembly program) - vytváření contigů
- Alignment sekvencí - ClustalW, MAFFT, PRRN (server GenomeNet), t-coffee, Kalign ... + stránka s odkazy na alignment
- FaBox - práce se sekvencemi ve formátu FASTA (extrakce, náhrada hlaviček, spojování a ořezávání alignmentů, vytažení pouze variabilních míst, formátování pro TCS, MrBayes, Arlequin, Excel…
Další odkazy
- Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin - stránka přednášky o molekulárních metodách (vždy v ZS)
- DNA Kaffee - stránka s popisem molekulárních metod a s odkazy na další stránky
- PCR Links.com - stránka se spoustou odkazů na protokoly a popisy PCR technik
- PCR-Based Molecular Systematic Approaches - protokoly a návody pro extrakci DNA, AFLP, sekvenování a další
- PCR Troubleshooting - přehled možností co dělat když jsou problémy s PCR
- Fylogenetický workshop katedry zoologie
- Praktikum z Molekulární taxonomie (Vláďa Hampl)
Další laboratoře
Akce dokumentů