Laboratoř analýzy proteinových struktur

Laboratoř se zabývá strukturní bioinformatikou, především predikcí 3D struktury proteinů a analýzou proteinových struktur. K predikci 3D struktury používáme metodu homologního modelování a vzniklé modely slouží k popisu vlastností a funkce proteinů či k navrhování modifikací, které nenaruší stabilitu ani vazebné schopnosti proteinů.

V oblasti analýzy proteinových struktur se skupina soustředí na vztah mezi strukturou a funkci proteinu a hodnocení kvality proteinových struktur. Na těchto projektech spolupracuje s kolegy z PřF UK a Akademie věd ČR. Spolupráce probíhá i  s laboratoří v Uppsale ve Švédsku.

V poslední době jsme se soustředili také na mapování vlivu postranslačních modifikací na aktivitu adaptorových domén a systematicky studujeme vztah mezi sekvencí, strukturou a funkcí na příkladu velmi divergentních malých GTPáz.

Laboratoře: Viničná 7, 1. patro vlevo, č. dv. 142a

Vedoucí skupiny:

Novotný Marian (Mgr.,Ph.D.)
Kontaktní údaje: V7/142a; +420 22195 1769; marian@natur.cuni.cz

Magisterští studenti:

Peclinovská Iveta (Bc.)

Kontaktní údaje: ivet_basikova@seznam.cz
Rok zahájení: 2013/14, Školitel: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Nováková Martina (Bc.)

Kontaktní údaje: marticzka.novaczka@seznam.cz
Rok zahájení: 2013/14, Školitel: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Sladečková Stanislava (Bc.)

Kontaktní údaje: stanislava.sladeckova@gmail.com
Rok zahájení: 2013/14, Školitel: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Publikace (2005-2013)

Tatárová Z, Brábek J, Rosel D, Novotny M. (2012) SH3 Domain Tyrosine Phosphorylation – Sites, Role and Evolution. PlosOne 7 (5): 1-8. e36310. (IF=4.092)

Janostiak, R., Tolde, O., Bruhová, Z., Novotny, M., Hanks, S.K., Rösel, D. & Brábek J. (2011). Tyrosine Phosphorylation within the SH3 domain Regulates CAS Subcellular Localization, Cell Migration, and Invasiveness. Mol. Biol. Cell. Accepted

Rada, P., Doležal, P., Jedelský, P.L., Bursac, D., Perry, A.J., Sedinová, M., Smíšková. K., Novotný, M., Beltrán, N.C., Hrdý, I., Lithgow, T. & Tachezy, J. (2011). The Core Components of Organelle Biogenesis and Membrane Transport in the Hydrogenosomes of Trichomonas vaginalis. PLOS One, 6(9):e24428.

Kašný, M., Mikeš, L., Dolečková, K., Hampl, V., Dvořák, J., Novotný, M. & Horák, P. (2011). Cathepsins B1 and B2 of Trichobilharzia spp., bird schistosomes causing cercarial dermatitis. In: Robinson M.W., Dalton J.P. (ed.) Cysteine Proteases of Pathogenic Organisms.1st Edition., 2011, 222 p.; ISBN: 978-1-4419-8413-5.

Lin, X., Novotny, M., Söderhäll, K. & Söderhäll, I. (2010). Ancient cytokines, the role of astakines as hematopoietic growth factors. J. Biol. Chem. 285(37) , 28577-28586.

Paňková, K., Rösel, D., Novotný, M. & Brábek, J. (2010). The molecular mechanisms of transition between mesenchymal and amoeboid invasiveness in tumor cells. Cell Mol Life Sci. 67, 63-71.

Söderhäll, I., Wu, C., Novotný, M., Lee, B.L. & Söderhäll, K. (2009). A novel protein acts as a negative regulator of proPO activation and melanization in the freshwater crayfish Pacifastacus leniusculus. J. Biol. Chem. 284 (10), 6301-6310.

Smid, O., Matuskova, A., Harris, S.R., Kucera, T., Novotny, M., Horvatova, L., Hrdy, I., Kutejova, E., Hirt, R.P., Embley, M., Janata, J. & Tachezy, J. (2008). Reductive evolution of the mitochondrial processing peptidases of unicellular parasites Trichomonas vaginalis and Giardia intestinalis. Plos Pathogens, 4(12), e1000243

Ilina, Y., Sloma, E., Maciaszczyk-Dziubinska, E., Novotny, M., Thorsen, M., Wysocki, R. & Tamás, M.J. (2008). Characterization of the DNA binding motif of the arsenic-responsive transcription factor Yap8p. Biochemical J. 415, 467- 475.

Novotny, M. & Elias, M. (2008). cpRAS: a novel circularly permuted RAS-like GTPase domain with a highly scattered phylogenetic distribution. Biol. Direct 3, 21.

Novotny, M., Seibert, M. & Kleywegt, G.J. (2007). On the precision of calculated solvent-accessible surface areas. Acta Cryst. D, 63, 270-274.

Grahn, E., Novotny, M., Jakobsson, E., Gustafsson, A., Grehn, L., Olin, B., Madsen, D., Wahlberg, M., Mannervik, B. and Kleywegt, G.J. (2006). New crystal structures of human glutathione transferase A1-1 shed light on glutathione binding and the conformation of the C-terminal helix. Acta Cryst. D, 62, 197-207.

Novotny, M. & Kleywegt, G.J. (2005). A survey of left-handed helices in protein structures. J. Mol. Biol., 347,231-241.