E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



Laboratoř sekvenace DNA

Dovolená: v pátek 27.10.2017 bude provoz laboratoře přerušen.
Vzorky dodané do středečního rána budou zpracována a výsledky obdržíte ve čtvrtek.
Děkujeme za pochopení.

Doručovací adresa:
Štěpánka Hrdá, Core facility - Genomika, PřF UK, Biocev, Průmyslová 595, Vestec, 252 50.
Konzultace na fakultě po domluvě.

DOPORUČENÍ PRO PŘÍPRAVU  VZORKŮ NA SEKVENAČNÍ REAKCI.
KONCENTRACE: 5ng/100pb u PCR produktů a 3ng/100pb plasmidové DNA  (započítává se celá délka plasmidu), odpovídá 100-200ng do reakce (max. 300ng u velkých plasmidů).
V sekci užitečné informace je nově část NEJČASTĚJŠÍ PROBLÉMY.
Stahujte si, prosím, aktuální průvodky.

Box na vzorky v Biocevu najdete vedle recepce - schránka je označena fialově (pozor - pod ní je zelená schránka soukromé firmy).
Sběrná lednička ve Viničné zůstává v činnosti i nadále.

Převoz vzorků z Viničné do Biocevu:
po - poledne = vzorky do 12.00
st - dopoledne = vzorky do 8.00
pá - dopoledne = vzorky do 8.00
ostatní dny - příležitostně

Vzorky se nejméně obden převážejí.
Všechny SEKVENACE jsou zpracovávány v Biocevu. Vzorky dávejte do označené krabice v lednici a pro jistotu označte sáček SQ.
Fragmentační analýza zůstává na zpracování ve Viničné 7, stále na stejném přístroji. Vzorky dávejte do mrazáčkové poličky a pro jistotu označte sáček FR.

Vzorky pro Macrogen nadále nebudeme odesílat. Odeslání si zajišťuje každý sám uložením své objednávky do sběrného boxu Macrogenu, který je umístěn v budově Benátská 4, na sekretariátu katedry botaniky, naproti vstupním dveřím. Je k dispozici všem zaměstnancům a studentům PřF UK. Vzorky s vytištěnou objednávkou se vloží do jakéhokoli uzavíratelného sáčku a ten se umístí do sběrného boxu (není žádný požadavek na minimální počet vzorků). Každé úterý a čtvrtek večer bude sběrný box zkontrolován kurýrem UPS a všechny vzorky budou zaslány do Macrogenu.  

Pro uživatele z Přírodovědecké fakulty je k dispozici licence na program Geneious verze 9.1. Pro přístupové údaje kontaktujte laboratoř. Pro další uživatele z UK je licence přístupná po dohodě s laboratoří.

V laboratoři v Biocevu ve Vestci máme přístroj MiSeq Illumina, na kterém můžeme analyzovat Vámi připravené knihovny. Vybrané knihovny jsme schopni pro Vás také připravit.
Laboratoř dále nabízí
  1. sonikaci na ultrasonikátoru Covaris M220, včetně sonikačních minizkumavek - objem 50 nebo 130 ul.
  2. přesné měření kvantity DNA/RNA na fluorimetru Quantus.
  3. analýzu na přístroji Agilent 2100 Analyzer - cena dle typu čipu na doptání. Čipy jsou na 11-12 vzorků. Při menším počtu vzorky uskladníme do doby, než se čip zaplní.

Laboratoř poskytuje servisní služby v oblasti sekvenační a fragmentační analýzy DNA jak pro vědecké pracovníky a studenty biologické sekce  PřF UK, tak i pro všechny ostatní zájemce z univerzitních a akademických pracovišť.
Samostatná laboratoř sekvenace DNA vznikla v roce 2003. V současnosti jsou v laboratoří tři analyzátory:  čtyřkapilární 3130 Genetic Analyzer (2007), šestnáctikapilární 3130xl Genetic Analyzer (2010) a dvacetičtyřkapilární 3500 Genetic Analyzer (2015) od firmy Applied Biosystems.

Nabízíme:

1. Sekvenaci plasmidů a PCR produktů zahrnující sekvenační reakci a analýzu na genetickém analyzátoru

(Nesekvenujeme PCR produkty kratší než 100pb a genomovou DNA, fosmidy a kosmidy, neboť na ně nemáme vypracovanou spolehlivou metodiku. Pokud však budete mít zájem, můžeme to zkusit.)

2. Analýzu již hotových přečištěných sekvenačních produktů

3. Fragmentační analýzu

4. Možnost využívání přístroje Nanodrop® v laboratoři S007 ve II. suterénu ve Viničná 7 nebo v místnosti M1.024 v BIOCEVU ve Vestci

5. Možnost využívání přístrojů sekvenátoru Miseq, sonikátoru Covaris, bioanalyzátoru Agilent a fluorometru Qvantus, stejně jako vybavení laboratoře pro přípravu knihoven v BIOCEVU.

6. Možnost vyhodnotit své výsledky u nás v laboratoři programy firmy Applied Biosystems SeqScape® Software a GeneMapper® Software.

7. Laboratoř má zakoupeno 15 síťových licencí programového balíku Geneious .Přístup k programu je možný z počítačů připojených na intranet, přístupové heslo interním uživatelům na vyžádání pošleme.


Zpracování a výsledky:

· Výsledky zasíláme na e-mail ve formatu *.ab1 (chromatogram), resp. *.seq.

· Sekvence se dá prohlížet a upravovat např. v programech DNASTAR (Seqman) nebo ve freeware verzi programu Chromas či (po registraci) programy od firmy AppliedBiosystems.

· Doporučujeme volit programy, ve kterých je možno prohlédnout si i RAW data (hrubá nepřepočítaná data ze sekvenátoru, jednoduše zjistíte sílu reakce).

· Další rady lze najít na: sekvenační podrobnosti v pdf na webu AppliedBiosystems , video pro úplné začátečníky:

http://media.invitrogen.com.edgesuite.net/ab/applications-technologies/pharma-biotherapeutics/DNA_sequencing.swf

 

Doporučujeme:

Chcete si prodloužit čtení svých sekvencí? Využijte zdarma službu firmy NUCLEICS, která přepočítá vaše .abi soubory svým algoritmem.

http://www.nucleics.com/peaktrace-sequencing/

 

DNA
.

 

Akce dokumentů