Zpráva - popis

Zprávu zasíláme komprimovanou ve formátu zip. Windows umí tento archiv otevřít.

V archivu najdete několik adresářů jako na obrázku.

Jejich název je tvořen datem, jménem zákazníka , jménem databáze, proti které bylo prováděno hledání, slovem zpráva a specifikací či se jedná o protein view (bez přípony) či peptide view (s příponou " _peptide"). Toto platí pouze pro data z MALDI MS/MS (prostá identifikace ze spotu bez separace pomocí HPLC) identifikací. Reporty pro data z LC MALDI MS/MS (Separace vzorku na HPLC a následná MS/MS analýza)  dodáváme pouze ve formátu peptide view.  Objasnění rozdílu mezi protein view a peptide view je zde : https://www.natur.cuni.cz/biologie/servisni-laboratore/laborator-hmotnostni-spektrometrie/protein%20a%20peptide%20view .

Každý adresář obsahuje samotné zprávy v html formátu (pro každý vzorek samostatný soubor),  textový soubor pojmenovaný stejně jako příslušná zpráva a obsahující souhrn všech identifikací ze vzorku oddělených tabulátorem a adresář pojmenovaný shodně jako zpráva obsahující detaily o jednotlivých identifikacích. Viz obrázek.

Textový soubor se může hodit pouze u reportů z LC MALDI analýz kde je velký počet identifikací, které je třeba dále procesovat hromadně (např BLAST nalezených sekvencí). Jeho obsah jsem schopen přizpůsobit požadavkům zákazníka a typu následných analýz v rámci individuální dohody.

Jméno souboru hlavní zprávy je tvořeno slovem "fcni", datem, jménem zákazníka ,názvem databáze proti které bylo prováděno prohledávání a souřadnicemi vzorku na MALDI destičce. Název vzorku získáte z převodní tabulky (souřadnice: název vzorku), která je u vyúčtování.

Toto platí pro MS/MS analýzy pro LC MALDI je název tvořen takto: lovem "fcni", názvem databáze proti které bylo prováděno prohledávání, názvem (číslem vzorku) a znaky "_LC run".

Po kliknutí na příslušný soubor se zprávou se se report otevře v  používaném webovém prohlížeči:

V hlavičce je pro vás podstatná kolonka Top Score: která obsahuje best hit.

Dále následuje informace o minimálním signifikantním score.

Ta vyjadřuje hodnotu score při, které je daná identifikace náhodná v 5% případů (Pokud, bude mít Vaše identifikace právě toto score, jedná se v 1 z 20 případů o chybnou identifikaci). Tato hodnota je závislá na velikosti databáze, čím větší databáze, tím větší potřebné score pro dosažení hranice signifikantnosti.  Hranice 5% je všeobecně považována za akceptovatelnou pro posuzování identifikace jako signifikantní.

Hodnota score je počítána jako -10*LOG₁₀(P) kde P je pravděpodobnost dané identifikace. To znamená, že zvýšení hodnoty score o 10,  desetkrát snižuje možnost že daná identifikace je náhodná. Takže pokud má vaše identifikace score rovno hodnota signifikantnosti plus 10 jedná se o náhodný jev pouze 0,5% případů.

Další následuje grafické vyjádření kvality identifikací, které může být použito pro posouzení kvality Vaší identifikace.

Více zde: http://www.matrixscience.com/help/scoring_help.html .

Dále následuje formulář pro reformátování zprávy,  ten je bohužel nefunkční.

A po něm již následuje seznam identifikací.

Na ID identifikace (v červeném oválu)  je možné kliknout a budete posunuti na podrobný rozpis identifikace viz, následující obrázek:

Kde vidíte informace o identifikaci a rozpis peptidů a jejich individuálních score na základě kterých, byl protein identifikován. Pokud kliknete na ID proteinu (červený ovál)

otevře se nové okno se sekvencí proteinu a jejím pokrytím při MS analýze:

Zde je možné opět kliknout na ID proteinu (červený ovál) a budete přesměrováni na NCBI blast kde je už zadána sekvence proteinu a je možné rovnou spustit vyhledávání - praktické v případě, že identifikovaný protein je popsán jako unknown protein.