Seznam školitelů v imunologických oborech

Prof. RNDr. Ilona Hromadníkova, Ph.D.

Oddělení molekulárně biologie a patologie buňky, 3.LF UK a ÚPMD se dlouhodobě věnuje problematice závažných těhotenských komplikací s důrazem na popsání jejich patogenetických mechanizmů, vývoj nových technologií pro jejich predikci, diagnostiku a prognostiku. Vedoucí oddělení bylo za tento výzkum uděleno ocenění Česká hlava, cena Lorem, v roce 2022.

MUDr. Adam Klocperk, Ph.D.

Tým Dr. Klocperka je ustanoven na Ústavu imunologie 2. LF UK a FN Motol, ve velké fakultní
nemocnici poskytující suprakonziliární péči širokému spektru pacientů s poruchami imunity a
s bohatou historií základního i aplikovaného/translačního výzkumu. Naším primárním zaměřením je
vrozených poruch imunity jakými jsou zejména primární imunodeficience, a to nejvíce ty postihující
thymus a vývoj T lymfocytů. Zkoumáme fenotyp, funkci, diferenciační vzorce a dysfunkční stavy T
lymfocytů, jakými jsou například vyčerpání a senescence, pomocí běžné i spektrální průtokové
cytometrie, multiplexovaných bead-based esejí, transkriptomických metod, buněčných kultur a
dalších, včetně bioinformatické analýzy. Primárně pracujeme s pacientskými vzorky, čímž
podporujeme propojení kliniky a výzkumu formou „bed to benchside“ a nabízíme jasný smysl
výzkumných projektů. Díky centrální roli T lymfocytů ve většině imunitních reakcí spolupracujeme
s dalšími odděleními a pracovními skupinami pokrývajícími revmatologická či autoimunitní
onemocnění či tkáňovou biologii. Máme výborné vztahy s dalšími pracovišti na národní i mezinárodní
úrovni, a to zejména v rámci Evropské společnosti pro imunodeficience (ESID). Rádi budeme
kontaktováni motivovanými excelentními studenty k diskuzi možnosti vzájemně prospěšné
spolupráce.

MUDr. Anna Šedivá, Ph.D.

primary immunodeficiencies and autoimmune diseases

Prof. MUDr. Tomáš Kalina, Ph.D.

MUDr. Miloslav Kverka, Ph.D.

Výzkumné zaměření:
V současné době se věnuji dvěma hlavním tématům. Prvním je studium interakce mikrobů s
hostitelem a důsledky této interakce pro imunitní systém a pro zdraví člověka. Vzhledem
k významnému vlivu složek potravy na fungování mikrobního ekosystému střeva studuji vliv
potravních složek na interakci mezi hostitelem a mikrobiomem a důsledky tohoto vlivu pro
zdraví hostitele. Kromě lokálních procesů ve sliznici střeva studuji i účinky střevního
mikrobiomu na vývoj a fungování imunitního systému a na patologické děje ve vzdálených
tkáních a orgánech, jako je mozek, klouby, kůže anebo nádor. Ke studiu těchto mechanismů
používám jak široké spektrum experimentálních modelů lidských onemocnění, tak i vzorky
získané od pacientů v rámci rozsáhlé spolupráce s klinickými pracovišti.
Druhým tématem je pak výzkum biomarkerů lidských chorob a jejich využití k prevenci a léčbě
zánětlivých a nádorových nemocí. Mým cílem je najít biomarkery, které by byly vhodné k časné
diagnostice a případně predikci úspěšné léčby těchto závažných chorob.

Mgr. Jan Dobeš, Ph.D 

Mgr. Ondřej Štěpánek, Ph.D

Studujeme základní principy funkce T-lymfocytů, zejmína jejich signalizaci a funkční diverzitu za pomocí modelů onemocnění spojených s imunitním systémem.

Dominik Filipp, Ph.D.

Doc. RNDr. Michal Vinkler, Ph.D.

V Laboratoři evoluční a ekologické imunologie se zaměřujeme na: - Genetické mapování mezidruhové a vnitrodruhové variability genů souvisejících s imunitou (např. vrozená imunita: Pattern recognition receptory, hlavně TLR, antimikrobiální peptidy; získaná imunita: MHC) - Výzkum selekce (přírodního výběru) působící na jednotlivé genetické varianty (včetně predikcí funkčních změn proteinů v reakci na selektivní tlaky zprostředkované patogeny) - Srovnávací imunologii - Popis zánětu u ptáků a identifikaci cytokinů odpovědných za modulaci tohoto zánětu - Interakce mezi imunitou a nervovou soustavou u nemodelových druhů ptáků s účinky na chování a kognici

Mgr. Martin Schwarzer, Ph.D.

Mechanismus účinku složek střevní mikrobioty v experimentálních modelech potravinové alergie a střevního zánětu.

Alergie a zánětlivé onemocnění střev (IBD) jsou rozšířené patologické imunitní reakce střeva, které se v posledních desetiletích dramaticky zvýšily. Jejich globální prevalence roste zejména ve vyspělých zemích, což naznačuje, že faktory životního prostředí hrají klíčovou roli v náchylnosti a etiologii k těmto chorobám. Hygienická hypotéza předpokládá, že za zvýšenou náchylností k alergickým onemocněním je nedostatek expozice mikrobiálním podnětům nebo změněná mikrobiální stimulace, která vede k aberantnímu vyzrávání imunitního systému. V tomto směru bylo hlášeno, že dysbiotická mikroflóra vedoucí k rozvoji alergie nebo IBD nebo spojená s alergickými onemocněními má sníženou nebo chybějící určitou skupinu komenzálních bakterií včetně laktobacilů a bifidobakterií.
V rámci Ph.D. studia si osvojíte manipulaci s bezmikrobními a konvenčními myšmi a práci s myšími modely potravinových alergií a ulcerózní kolitidy. Konkrétně budete zkoumat vliv vybraných probiotických a komenzálních bakterií (jako jsou laktobacily, bifidobakterie nebo nepatogenní E. coli) a definovaných izolovaných bakteriálních složek na rozvoj naivního imunitního systému a alergické senzibilizace/zánětu střev na myším modelu.

Během vašeho PhD. budete využívat klasické a molekulárně-biologické metody pro detekci a kultivaci bakterií. Osvojíte si různé metody, jako je ELISA, Western-blot, PCR a real-time PCR, průtoková cytometrie, in vitro kultivace buněk a buněčných linií, histologie a imunohistochemie.

RNDr. Marek Kovář, Ph.D.

Laboratoř nádorové imunologie (Mikrobiologický ústav AV ČR)
Výzkumná činnost naší skupiny je zaměřena na výzkum a vývoj polymerních nanoterapeutik s protinádorovou aktivitou. Tyto materiály syntetizované ve spolupracující laboratoři T. Etrycha na Ústavu makromolekulární chemie, s kterou máme dlouhodobou intenzivní spolupráci a která vyústilav množtví grantových projektů a publikací. Tyto materiály jsou založeny na HPMA kopolymerech různé struktury (lineární, dibloky, roubované, hvězdicové) a nesou biologicky aktivní látku (cytostatikum, P-gp inhibitor, STAT3 inhibitor, IAP inhibitor) kovalentně navázanou pomocí vhodně zvolené chemické vazby (hydrazonová nebo amidová) umožňující kontrolované uvolnění navázaného léčiva zpět do farmakologicky aktivní podoby, a to preferenčně v místě patologického procesu, tj. v nádoru. Vyvíjená polymerní nanoterapeutika jsou testována z hlediska jejich cytostatické a cytotoxické aktivity, indukce apoptózy a inhibice zvolených molekul/signalizačních drah in vitro. V myších je pak testována jejich toxicita a stanovena maximální tolerovaná dávka pro navazující testování protinádorové aktivity v myších nádorových modelech rostoucích v syngenních myších, nebo lidských nádorových modelech rostoucích v imunokomprimovaných myších (Nu/Nu, Rag-/-). Vyvíjená polymerní nanoterapeutika mají za cíl zvýšit efektivitu protinádorové terapie, snížit její toxicitu (nežádoucí vedlejší účinky) a pomoci překonat biologické bariéry při terapii malignit, např. přirozenou chemorezistenci či mnohonásobnou lékovou resistenci.

Dále je naše skupina zaměřena na vývoj imunoterapie na bázi komplexů IL-2 a anti-IL-2 mAb (dále IL-2 komplexy), které vykazují vysokou biologickou aktivitu in vivo. IL-2 komplexy navíc mají selektivní stimulační aktivitu buďto pro CD25+ buněčné populace nebo CD122high v závislosti na
klonu použité anti-IL-2 mAb. Ve spolupráci s laboratoří Jamie Spangler (Johns Hopkins University) jsou vyvíjeny tzv. imunocytokiny, které mimikují výše popsané IL-2 komplexy, ale jsou připraveny na bázi rekombinantních fúzních proteinů. IL-2 molekula je zde spojena flexibilním polypeptidickým linkerem o definované délce s lehkým řetězcem anti-IL-2 mAb. Výše popsané IL-2 komplexy a imunocytokiny mají protinádorovou aktivitu in vivo a je možné je použít např. pro potenciaci léčby pomocí tzv. immune checkpoint inhibitorů (např. anti-CTLA-4 mAb, anti-PD-1 mAb). IL-2 komplexy taktéž výrazně synergizují s chemoterapií na bázi polymerních nanoterapeutik zmíněných výše.

Naše laboratoř nabízí témata pro vypracování diplomových a doktorských prací v obou výše uvedených výzkumných směrech.

RNDr. Zuzana Jirásková Zákostelská, Ph.D.

Již přes dvacet pracuji na Mikrobiologickém ústavu AV ČR v.v.i.. V laboratoři, ve které jsem členem, se dlouhodobě věnujeme studiu vztahu mezi mikrobem a hostitelem a dopadem tohoto vztahu na zdraví hostitele. Můj výzkum je zaměřen převážně na identifikaci a charakterizaci konkrétních zástupců kožní a střevní mikrobioty, kteří by mohli hrát úlohu v patogenezi kožních onemocnění jako je například psoriáza či atopická dermatitida. Dále mě zajímá vliv mikrobioty na integritu střevní bariéry, lokální imunitní odpovědˇ a také to jakým způsobem spolu kůže a střevo vzájemně ,,komunikuje“.

Aktuální projekty financované MZ ČR:

no. NU20-05-00038 - Role mikrobiomu při vzniku atopické dermatitidy a potravinové alergie u kojenců a batolat (5/2020-2023). Hlavní řešitel

no. NU20-04-00077- Vliv složení mikrobiomu na úspěšnost imunomodulační léčby a jeho role v patogenezi roztroušené sklerózy. (5/2020-2023). Spoluřešitel

Mgr. Klára Kostovčíková , Ph.D.

Moje výzkumná skupina se v rámci Laboratoře buněčné a molekulární imunologie Mikrobiologického ústavu AV ČR především zajímá o vliv diety (makronutrientů) na složení a metabolickou aktivitu mikrobiomu v myších modelech lidských onemocnění (např. IBD, kolorektální karcinom, roztroušená skleróza). Důležitou součástí našeho výzkumu je i spolupráce s klinickými pracovišti, kdy zkoumáme vliv mikrobiomu na průběh onemocnění nebo úspěšnost terapie. Zároveň je naší snahou popsat změny v aktivaci a fungování imunitního systému v místě onemocnění i v celém organismu pomocí různých metod (např. průtoková cytometrie, imunoanalytické a molekulárně-biologické přístupy).

MUDr. Zuzana Libá, Ph.D.

Zánětlivá, především autoimunitní, onemocnění centrálního nervového systému u dětí. Klinický výzkum. Chemokiny a cytokiny v mozkomíšním moku jako imunitní markery průběhu onemocnění. Průtoková cytometrie mozkomíšního moku se zaměřením na detekci zánětu v intrathékálním prostoru.

Prof. MUDr. Martina Kozariar Vašáková, Ph.D.

Věděckovýzkumné zaměření školitelky je cíleno na výzkum imunopatogeneze a genetiky plicních nemocí, zejména intersticiálních plicních procesů. V současné době pod jejím vedením probíhají aktivní projekty zaměřené na genetiku plicních fibróz a na nové metody určení senzitizace a detekce zdroje u exogenních alergických alveolitid. Dále na pracovišti pod vedením školitelky probíhá výzkum identifikace faktorů disponujících k těžkému průběhu covid včetně genetického podkladu, klinický výzkum efektu biodegradabilních stentů na remodelaci stenotické trachey a výzkum nových imunologických metod diagnostiky latentní tuberkulosní infekce s použitím průtokové cytometrie.

Mgr. Tomáš Brdička, Ph.D.

Laboratoř leukocytární signalizace se zabývá zejména molekulárními mechanismy, jimiž různé leukocytární proteiny regulují přenos signálu povrchovými receptory. V rámci této poměrně široké oblasti se náš výzkum zaměřuje především na membránové adaptorové proteiny a kinázy rodiny Src a na jejich role v zánětu a krvetvorbě. Studujeme také různá zánětlivá onemocněními vyvolaná dysfunkcí těchto proteinů.

Aktualní téma disertační práce se začátkem v zimním semestru 2023:
Signaling pathways in inflammatory response and autoinflammatory disease

Doc. RNDr. Daniel Smrž, Ph.D.

Skupina nádorové imunologie se zabývá studiem a možnostmi využití imunitních buněk v nádorové imunoterapii. Prvním ramenem výzkumu je studium imunitních buněk v nádorovém mikroprostředí a v přilehlých tkáních. Z nádorů a z přilehlých tkání jsou imunitní buňky izolovány, identifikovány a kvantifikovány. Následnou analýzou pomocí vybraných specifických povrchových markerů je prováděna detailní charakterizace (fenotypizace) jednotlivých populací imunitních buněk. Cílem této charakterizace je identifikace populací imunitních buněk, jejichž přítomnost v nádoru koreluje s lepší prognózou onemocnění a které jsou schopny efektivně migrovat do nádoru.
Druhým ramenem výzkumu je identifikované populace imunitních buněk využít pro in vitro přípravu buněčných preparátů pro adoptivní buněčnou imunoterapii nádorových onemocnění. V této fázi je prováděn vývoj nových přístupů pro specifickou in vitro expanzi kýžených buněčných populací, která spočívá ve specifické izolaci/obohacení daných populací a v následné nespecifické expanzi pomocí růstových faktorů či in vitro připravených dendritických buněk. Fenotyp expandovaných buněk je dale modulován farmakologickou intervencí do vybraných signálních drah, jako je například Wnt/β-cateninová signální dráha. Expandované buňky jsou následně testovány na jejich reaktivitu vůči nádorovým buňkám/antigenům a schopnost nádorové buňky eliminovat. Dlouhodobým cílem výzkumu skupiny je hlubší pochopení nádorového imunitního mikroprostředí a zavedení technologie pro in vitro přípravu imunitních buněk, které budou efektivně prostupovat do nádorů a v něm nádorové buňky eliminovat nebo alespoň stimulovat imunitní

Mgr. Jan Musil, Ph.D.

Výzkum naší laboratoře se zaměřuje na studium interakcí imunitního systému a maligních
buněk u hematologických onemocnění s cílem podpořit vývoj nových personalizovaných
imunoterapií, které by mohly zlepšit kvalitu života pacientů léčených na Ústavu hematologie
a krevní transfuze (ÚHKT). Soustřeďujeme se především na identifikaci a charakterizaci
únikových mechanismů leukemických buněk za použití mutliomických metod, které
kombinují vysoce parametrickou průtokovou cytometrii, proteomiku a metabolomiku.
Zabýváme se také studiem regenerace imunitního systému po transplantaci krvetvorných
kmenových buněk (HSCT) s cílem charakterizovat vliv jednotlivých leukocytárních populací
na tento proces.

Prof. MUDr. Tomáš Stopka, Ph.D.

StopkaLab zahájil činnost v červnu 2005 na 1. lékařské fakultě Univerzity Karlovy v Praze.
Zabýváme se základními aspekty normální a maligní krvetvorby. Laboratoř je podporována
výzkumnými granty a prostředky univerzitního výzkumu. Členové laboratoře mají vědecké,
lékařské či kombinované vzdělání. Někteří členové laboratoře se také podílejí na lékařské
péči na Hematologické klinice (fakultní nemocnice). Laboratoř sídlí v budově Biocev (Vestec
u Prahy) a je členem programu funkční genomiky. Vzýkum se metodicky zaměřuje na
transgenní modelování v myši a využívá OMICS technologie k lepšímu pochopení regulačních
procesů krvetvorby. Laboratoř se také podílí na biomedicínských projektech zaměřených na
pacienty, které řeší oblast výzkumu myelodysplastického syndromu a mnohočetného
myelmu a to především z hlediska studia terapeutické rezistence.

Výzkumné zaměření:

1. epigenetický výzkum klíčových regulátorů kmenových hematopoetických buněk a leukemogeneze (myší modely)
2. genetika a epigenetika hematologických malignit z pohledu terapeutické rezistence (zaměřené na pacienty).

MUDr. Ester Mejstříková, Ph.D.

V laboratoři především používáme cytometrické metody. Jsme referenční laboratoří pro diagnostiku leukémií v dětském věku. Hlavním objektem výzkumu jsou hematologické malignity, selhání kostní dřeně a imunodeficience. Potenciální nová témata jsou:

1. Hledání nových znaků leukemických buněk vhodných pro detekci reziduální nemoci nejen v kontextu cílené léčby
2. Dynamika složení nemaligních buněk v průběhu léčby akutní leukémie
3. Selhání kostní dřeně

RNDr. Radka Roubalová, Ph.D.

Mgr. Zuzana Reiss, Ph.D.

Současné epidemiologické studie ukazují jasnou souvislost mezi vznikem kožních a střevních
onemocnění a změnou mikrobioty. Naše laboratoř se již léta zabývá působením mikrobioty na různá zánětlivá onemocnění jako jsou například nespecifické střevní záněty, psoriáza, atopická dermatitida, aj.

Nyní se kromě identifikace mikrobioty zaměřujeme i na její působení na osu střevo-kůže. Dysbalance ve složení střevní mikrobioty je rizikovým faktorem pro narušení střevní bariéry. Předpokládáme tedy, že alterace ve složení střevní mikrobioty může v důsledku vést až ke kožním projevům různých onemocnění (psoriáza, atopická dermatitida, vitiligo, nespecifické střevní záněty). Student se bude v rámci své doktorské práce zabývat tím, jak se mění složení kožního a střevního mikrobiomu u pacientů s kožními projevy onemocnění a jaký může mít mikrobiota nemocného/zdravého člověka vliv na bariérovou funkci střeva a kůže. S pomocí biologického materiálu získaného přímo od pacientů a zdravých lidí bude sledovat vliv mikrobioty v podmínkách in vitro. Mimo jiné se bude také zabývat změnami mikrobioty a integrity střevní a kožní bariéry u pacientů s psoriázou po podání biologické léčby anti-IL-17, která může u některých psoriatiků vést k rozvoji nespecifických střevních zánětů. Ve své práci bude využívat nejmodernější techniky jako je sekvenace nové generace (MiSeq, 3’mRNA Seq), ko-kultivace střevní mikrobioty s lidskými organoidy, kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-qTOF-MS), či metody ELISA, průtoková cytometrie a imunofluorescence.

MUDr. Zuzana Střížová, Ph.D.

Mgr. Miroslav Hons, Ph.D.

Laboratory of Leukocyte mobility

Mgr. Petra Procházková, Ph.D. Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

V naší laboratoři Buněčné a Molekulární Imunologie se zabýváme především studiem vztahu
mezi střevním mikrobiomem a psychiatrickými či neurologickými onemocněními. Dále se
zabýváme úlohou autoprotilátek proti různým neuroaktivním molekulám u těchto
onemocněních.

Hypotéza spojení mikrobiomu s těmito chorobami spočívá ve schopnosti mikroorganismů
ovlivňovat fungování nervové soustavy. Ve střevě jsou lidé vybaveni množstvím buněk
nervového systému (stejně velké jako je množství neuronů v celé míše), které dovedou
přijímat stimuly od mikroorganismů a jejich produktů (např. serotonin) a přenášet je
do mozku. To je často nazýváno jako osa mikrobiom-střevo-mozek. Dále, zdravý slizniční
imunitní systém ve střevě, obsahující 70 % imunitních buněk lidského těla, je schopný
udržovat rovnováhu mezi potřebnou stimulací mikrobními složkami a tolerancí. Předpokládá
se, že důvodem často se vyskytujících autoimunitních, zánětlivých i nádorových chorob je
porušení slizniční bariéry (takzvané “leaky gut”) jako důsledek mikrobiální dysbiózy, které
vede k proniknutí některých mikrobiálních složek do cirkulace a k aktivaci imunitních buněk
v různých orgánech spouštějících zánět.

Konkrétně se nyní věnujeme především studiu mikrobiomu a autoimunitních mechanismů u
pacientek/tů s poruchou příjmu potravy, jako je mentální anorexie (MA) či psychogenní
přejídání. Hledáme rozdíly v mikrobiálním složení u pacientek s akutní či chronickou formou
MA. Používáme myší model “activity-based anorexia”, který je zavedený jak pro konvenční,
tak i pro bezmikrobní myši. Dále tyto myši slouží jako příjemce stolice těchto pacientek a
zdravých kontrol (fekální mikrobiální transplantace). Podobně jsou myším podávány
specifické probiotické bakterie, bakterie produkující butyrát a také bakterie nadměrně
zastoupené ve střevním mikrobiomu pacientek s MA. Kromě změn mikrobiomu se sledují i
změny metabolitů v séru i stolici jak pacientek tak myší, sleduje se střevní propustnost a
exprese genů podílejících se na regulaci chuti k jídlu a genů souvisejících s dopaminovou
neurotransmisí v hypotalamu myší.

Téma možné disertační práce: Vliv střevní mikrobioty na vznik a průběh mentální anorexie u pacientek a v experimentálním animálním modelu.

Mgr. Jan Frič, Ph.D

Prof. RNDr. Jan Černý, Ph.D.

Doc. RNDr. Magdalena Krulová, Ph.D.