Vyberte data kurzů: práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum a práce s molekulárními daty v R

Případné dotazy k oboum kurzům zodpoví Vojtěch Zeisek. Přihláška (stejná pro oba kurzy, potřebuji mít e-maily na účastníky, abych je mohl snadno kontaktovat a vědět, co umí a co by se rádi naučili).

Příkazová řádka Linuxu a MetaCentrum

Nebojte se příkazové řádky! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není podmínkou.

Naučíte se

• Používat základní příkazvy v příkazové řádce Linuxu
• Pracovat s dokumentací a hledání řešení
• Psát jednoduché skripty, které vám usnadní práci
• Pracovat s MetaCentrem CESNETu, kde se úlohy spouští pomocí jednoduchých skriptů z příkazové řádky.
• Případná další témata podle zájmu (napište je do komentáře na Doodle).

Kurz bude ve dvou po sobě jdoucích dnech (26. a 27. ledna 2015). Hlasujte do neděle 7. prosince na http://doodle.com/tg2fpscrb8a97c6r

Pokud alespoň jeden účastník nebude rozumět česky (popřípadě slovensky), kurz bude anglicky.

Podrobnosti (budou průběžně doplňovány).

Molekulární data v R

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou.

Naučíte se

• Základy práce v R (tak, abyste se neztráceli v následující práci)
• Načítat a exportovat molekulární data různých typů a formátů.
• Pracovat s mikrosatelity, AFLP a sekvenačními daty.
• Dělat distanční matice, fylogenetické stromy, Bayesiánské analýzy, ovládat Structure, tvořit PCoA, grafy apod.
• Případná další témata podle zájmů (napište je do komentáře na Doodle).

Kurz bude ve třech po sobě následujících dnech. Hlasujte do neděle 7. prosince na http://doodle.com/pdyfbi2b7n46ddgm

Pokud alespoň jeden účastník nebude rozumět česky (popřípadě slovensky), kurz bude anglicky.

Podrobnosti (budou průběžně doplňovány).