E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



Laboratoř hemových senzorových proteinů

Kontakt; Lidé; Cíle; Projekty; Publikace; Spolupráce; Zajímavosti; Výuka; Alumni

Novinky

Náš přehledný článek na téma hemovéch senzorových proteinů byl přijat (26. října 2019) - Shimizu T., Lengalova A., Martínek V., Martínková M. (2019) Heme: Emergent roles of heme in signal transduction, functional regulation and as catalytic centres, Chem. Soc. Rev. (Royal Society of Chemistry), in press, IF2017 = 40.443 https://doi.org/10.1039/c9cs00268e

Publikovali jsem práci o diguanylat cyklase (YddV) (10. září 2019) - https://doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2019.110833

Veronika Prošková (Fojtíková) úspěšně obhájila svou disertační práci (10. září 2018)

Jakub Vávra se zúčastnil “XX International Conference on Oxygen Binding and Sensing Proteins in Barcelona” (Španělsko) (září 3. – 6. 2018)

Markéta Martínková, Alžběta Lengálová a Václav Martínek se zúčastnili 43. FEBS konference v Praze (Česká republika) (červenec 7. - 12. 2018)

 

Kontakt

Katedra biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy

Hlavova 2030/8, 1. patro, dveře 217

tel: +420 221 951 242

e-mail: marketa.martinkova (at) natur.cuni.cz 

 

Lidé

Markéta Martínková – vedoucí skupiny

Toru Shimizu – člen

Václav Martínek – člen

Alžběta Lengálová – PhD student

Radim Homolka – PhD student

Jakub Vavra – PhD student

Eva Tajovská – student

Lukrécie Vojáčková – student

Artur Sergunin – student

Dominika Andrlová – student

Kateřina Čížová – student

Anna Ammerova - asistentka 

 

Cíle

Hemové enzymy

- role v karcinogenezi

Hemové senzorové proteiny

- vztah struktury a funkce

- role v karcinogenezi

- role v bakteriální patogenezi - antibakteriální terapie

Mechanismus přenosu signálu v eukaryotických a prokaryotických buňkách

- role hemu v regulačních drahách (například v regulaci proteinové exprese)

 

Projekty

JPIAMR2019-087

Doda trvání: 2020-2022

Název: Prevention of antibiotic resistance by TARGEted Treatment of pneumonia in children (TARGET) (mezinárodní konsorcium, hlavní řešitel)

GA ČR, 15-19883S

Doba trvání: 2015-2017

Název: Mechanismus intraproteinového/mezidoménového přenosu signálu u modelových hemových senzorových proteinů

IPSEN Pharma, os.

Doba trvání: 2014-2015

Název: Externí sponzorská studie „ Porovnání adsorpční kapacity a efektivity diosmektitu a aktivního uhlí na příkladu deseti sloučenin, které nejčastěji způsobují intoxikaci v akutní medicíně“

GAUK 756214

Doba trvání: 2014-2015

Název: Mechanismus intraproteinového/mezidoménového přenosu signálu u hemových senzorových proteinů, jmenovitě histidin kinasy (AfGcHK) a diguanylát cyklasy (YddV)

GAUK 362115

Doba trvání: 2015-2017

Název: Studium modelových senzorových proteinů obsahujících hem (konkrétně histidinkinasy, AfGcHK a fosfodiesterasy, EcDOS) se zaměřením na vysvětlení mechanismu přenosu signálu prostřednictvím modulace enzymové aktivity těchto proteinů

GAUK 704217

Doba trvání:  2017-2019

Název: Struktura a funkce modelových zástupců hemových senzorových proteinů a jejich participace na procesech ovlivňujících lidské zdraví

 

Publikace

2019

Shimizu T., Lengalova A., Martínek V., Martínková M. (2019) Heme: Emergent roles of heme in signal transduction, functional regulation and as catalytic centres, Chem. Soc. Rev. in press https://doi.org/10.1039/c9cs00268e

Lengalova A., Fojtikova-Proskova V, Vavra J, Martínek V, Stranava M, Shimizu T, Martinkova M (2019) Kinetic Analysis of a Globin-Coupled Diguanylate Cyclase, YddV: Effects of Heme Iron Redox State, Axial Ligands, and Heme Distal Mutations on Catalysis, J  Inorg Biochem, 201: 110833.

2018

Stiborová M, Dračínská H, Bořek-Dohalská L, Klusoňová Z, Holecová J, Martínková M, Schmeiser HH, Arlt VM (2018) Exposure to Endocrine Disruptors 17alpha-Ethinylestradiol and Estradiol Influences Cytochrome P450 1A1-Mediated Genotoxicity of Benzo[a]Pyrene and Expression of This Enzyme in Rats, Toxicology400–401: 48–56

2017

Stranava M, Man P, Skálová T, Kolenko P, Blaha J, Fojtikova V, Martínek V, Dohnálek J, Lengalova A, Rosůlek M, Shimizu T, Martinkova M (2017) Coordination and redox state-dependent structural changes of the heme-based oxygen sensor AfGcHK associated with intraprotein signal transduction, J Biol Chem292: 20921-20935

Mináriková M, Fojtikova V, Vyskočilová E, Sedláček J, Šikut M, Borek-Dohalska L, Stiborová M, Martinkova M (2017) The capacity and effectiveness of diosmectite and charcoal in trapping the compounds causing the most frequent intoxications in acute medicine: a comparative study, Environ Toxicol Phar 52: 214-220

2016

Fojtikova V, Bartosova M, Man P, Stranava M, Shimizu T, Martinkova M (2016) Effects of hydrogen sulfide on the heme coordination structure and catalytic activity of the globin-coupled oxygen sensor AfGcHK, Biometals 29: 715-729

Stranava M, Martinek V, Man P, Fojtikova V, Kavan D, Vaněk O, Shimizu T, Martinkova M (2016) Structural Characterization of the Heme-based Oxygen Sensor, AfGcHK, its Interactions with the Cognate Response Regulator, and their Combined Mechanism of Action in a Bacterial Two-component Signaling System. Proteins, 84: 1375-89

Kuipers K, Gallay C, Martínek V, Rohde M, Martínková M, van der Beek SL, Jong WS, Venselaar H, Zomer A, Bootsma H, Veening JW, de Jonge MI (2016) Highly conserved nucleotide phosphatase essential for membrane lipid homeostasis in Streptococcus pneumoniae. Mol Microbiol 101: 12-26

Lambry J-Ch, Stranava M, Lobato L, Martinkova M, Shimizu T, Liebl U, Vos MH (2016) Ultrafast Spectroscopy Evidence for Picosecond Ligand Exchange at the Binding Site of a Heme Protein: Heme-based Sensor YddV. J Phys Chem Lett 7: 69–74

2015

Fojtikova V, Stranava M, Vos M H, Liebl U,  Hraníček J, Kitanishi K, Shimizu T, Martinkova M (2015) Kinetic Analysis of a Globin-coupled Histidine Kinase, AfGcHK: Effects of the Heme Iron Complex, Response Regulator and Metal Cations on Autophosphorylation Activity. Biochemistry 54: 5017–5029

Pavlou A, Martínková M, Shimizu T, Kitanishi K, Stranava M, Loullis A, Pinakoulaki E (2015)  Probing the ligand recognition and discrimination environment of the globin-coupled oxygen sensor protein YddV by FTIR and time-resolved step-scan FTIR spectroscop.Phys Chem Chem Phys 17: 17007-17015

Yan F, Fojtikova V, Man P, Stráňava M, Martínková M, Du Y, Huang D, Shimizu T (2015)  Catalytic Enhancement of the Heme-based Oxygen-Sensing Phosphodiesterase EcDOS by Hydrogen Sulfide Is Caused by Changes in Heme Coordination Structure, BioMetals 28: 637-652

Shimizu T, Yan F, Huang D, Stráňava M, Bartošová M, Fojtíková V, Martínková M (2015) Molecular Characteristics of Heme-based Gas (O2, NO and CO) Sensors. Chem Rev 115: 6491−6533

2014

Anzenbacher P, Marchal S, Palacký J, Anzenbacherová E, Domaschke T, Lange R, Shimizu T, Kitanishi K, Stranava M, Stiborová M, Martinkova M (2014) Pressure effects reveal that heme iron-redox change significantly affects the protein flexibility of the heme domains of heme-based oxygen sensors, Ec DOS and YddV. FEBS J 281: 5208–5219

Stranava M, Martínková M, Stiborová M, Man P, Kitanishi K, Muchová L, Vítek L, Martínek V, Shimizu T (2014) Introduction of water into the heme distal side by Leu65 mutations of an oxygen sensor, YddV, generates verdoheme and carbon monoxide, exerting the heme oxygenase reaction. J Inorg Biochem 140: 29-38

 

Spolupráce

Akademická pracoviště

Laboratory of Pediatric Infect. Diseases, Nijmegen, Nizozemí (Marien de Jonge - mikrobiologie)

Ecole Polytechnique, Palaiseau, Francie (Marten Vos a Ursula Liebl – ultrarychlá spektroskopie)

Université Montpellier, Montpellier, Francie (Reinhard Lange – spektroskopie za vysokého tlaku)

Cyprus University of Technology, Limessol a University of Cypru, Nicosia, Kypr (Constantinos Varotsis a Eftychia Pinakoulaki - FTIR a Ramanova spektroskopie)

Tohoku University, Sendai, Japonsko (Kazuhiko Igarashi - eukaryotické hemové senzorové proteiny)

Mikrobiologický ústav AVČR, Praha, Česká republika (Miroslav Šulc – hmotnostní spektrometrie)

BIOCEV, Vestec, Česká republika (Petr Man a Petr Pompach - hmotnostní spektrometrie; Jan Dohnálek - X-ray analýzy)

Průmysl a komerční sféra

IPSEN Pharma, os. (Francie, 2014- 2015)

BEDO (Thajsko, 2015-2016)

 

Zajímavosti

Vizitka Týmu (anglicky)

Webová prezentace  skupiny - www.natur.cuni.cz/martinkova

 

Výuka (Katedra biochemie, PřF UK)

MC250P19B – Klinická a analytická biochemie (letní semestr, 3/0, 4 kredity)

MC250C44 – Praktika z klinické biochemie (zimní semestr, 4/0, 6 kreditů)

6 - obhájených bakalářských prací

3 - obhájených diplomových prací

2 - obhájených disertačních prací
 

Alumni

Dr. Martin Stráňava – firma Covance

Dr. Veronika Prošková (Fojtíkova) - soukromá zdravotnická klinika, nyní mateřská dovolená

 

 

Akce dokumentů