E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



Modelování biomolekul

Kontakty; Lidé; Výzkum; Publikace; Spolupráce; Výuka

 

Kontakt

Katedra biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy

Hlavova 2030/8, 1. patro, dveře 215

tel: +420 221 951 280

e-mail: vaclav.martinek(at)natur.cuni.cz

 

Lidé

Václav Martínek

Petr Jeřábek

Jakub Martinka - Bc. student

Jaroslav Stránský - Bc. student

 

Výzkum

Metabolizmus cizorodých látek

- cytochromy P450, cytochrom b5 a další retikulární proteiny

Vývoj vakcíny proti Lymské borelióze

  - konstrukce termostabilních fragmegmentů proteinu OspA

Signální proteiny lidksých patogenů

- kinasy, fosfatasy a signální nukleotidy

 

Metody výzkumu

Molekulová dynamika

- studium chování proteinů v reálném čase na atomární úrovni

Protein-proteinivý docking

- predikce struktur proteinových komplexů

Protein-ligandový docking

- predikce struktur komplexů proteinů s ligandy

Homologní modelování

- predikce struktury proteinu na základě struktury jemu příbuzných proteinů

 

Publikace

Kuipers K., Gallay C., Martínek V., Rohde M., Martínková M., van der Beek S.L., Jong W.S., Venselaar H., Zomer A., Bootsma H., Veening J.W., de Jonge M.I. 2016 Highly conserved nucleotide phosphatase essential for membrane lipid homeostasis in Streptococcus pneumoniae 101(1):12-26 IF2016=3.898

Martínek V., Bárta F., Hodek P., Frei E., Schmeiser H.H., Arlt V.M., Stiborová M. 2017: Comparison of the oxidation of carcinogenic aristolochic acid I and II by microsomal cytochromes P450 in vitro: experimental and theoretical approaches. Monatshefte für Chemie 148(11):1971-1981 IF2017=1.285

Jeřábek P., Florián J, and Martínek V. 2016: Membrane-anchored cytochrome P450 1A2–cytochrome b5 complex: Structure and dynamics. Chemical Research in Toxicology 29: 626-636 IF2016= 4.123

Jeřábek P., Florián J, and Martínek V. 2016: Lipid molecules can induce an opening of membrane-facing tunnels in cytochrome P450 1A2. Physical Chemistry Chemical Physics 14:30344-30356 IF2016= 3.278

Jeřábek P., Florián J, Stiborova M. and Martínek V. 2014: Flexible Docking-Based Molecular Dynamics/Steered Molecular Dynamics Calculations of Protein–Protein Contacts in a Complex of Cytochrome P450 1A2 with Cytochrome b5. Biochemistry 53: 6695-6705 IF2014=3.015

 

Spolupráce

Jan Florián, Loyola University Chicago, Spojené státy americké

Milan Raška, Univerzita Paleckého v Olomouci, Česká republika

Marien I. de Jonge, Radboud University Medical Center, Nizozemsko

 

Výuka (Katedra biochemie, PřF UK)

MC250P07B Internet a Bioinformatika

MC250C17N Pokročilé praktikum z biochemie

MC250C03    Pokročilé praktikum z biochemie pro KATA

MC250P03B Biochemie II

Akce dokumentů