E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



Laboratoř struktury a funkce biomolekul

Kontakty; Prezentační list ; Lidé; Cíle; Projekty; Publikace; Spolupráce; Zajímavosti; Výuka; Alumni

Novinky

Instalace mikroHPLC Agilent Inf1290 (2019/10/21-23)

Úspěšná výměna turbopumpy u ESI/APCI-qTOF MS maXis PLUS (2019/10/11)

Úspěšná výměna oken u ESI/APCI-qTOF MS maXis PLUS = konečně zase měříme (2019/08/22-30)

Roman získal projekt GAUK na studium azurinu:-)

Tomáš je členem týmu nového GAČR projektu ve spolupráci s KACh (Dr. Petr Kozlík)

Úspěšné stěhování ESI/APCI-qTOF MS maXis PLUS do společné místnosti s KACh (2018/11/14-16)

 

Kontakt

Katedra biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy

Hlavova 2030/8, 1. patro, dveře 216

tel: +420 221 951 281

e-mail: miroslav.sulc (at) natur.cuni.cz

 

Lidé

Miroslav Šulc – vedoucí skupiny

Tomáš Ječmen – juniorní člen

Adriana Osičková - částečný úvazek, juniorní členka

Renata Ptáčková - částečný úvazek, juniorní členka

Aleš Ďuriš - manažer laboratoře

Vladimír Ondruška – ext. PhD. student

Roman Tuzhilkin  – Mgr. student

Kristýna Barvíková  – Mgr. studentka (spolupráce s Dr. V. Vlachovou, FGU)

Anna Rychlá - Bc. studentka

Albert Málek – Bc. student

Terka – středoškolská studentka (SOČ)

 

Cíle

Strukturní a funkční hmotnostní spektrometrie (MS)

  - Vývoj nových method

           - Světlem indukované chemické síťování interagujících proteinů - PIXL (z angl. Photo-Induced Cross-Linking)

           - Přenos elektronu v proteinech - PIER (z angl. Photo-Induced Electron Release)

                * Cupredoxin - azurin (P. aeruginosa)

           - Studium klinicky relevantních protein-proteinových interakcí

MFO systém metabolismu xenobiotik

  - Interakce membránových proteinů (cytochrom b5, cytochrom P450, a jejich reduktasy)

Bakteriální pathogenese

- Interakce CyaA toxinu (B. pertusis)

- Interakce Azurinu (P. aeruginosa)

Interakce regulačních proteinů

  - Interakce proteinů s vazebnými partnery

            * eukaryotní 14-3-3

            * lidský kalmodulin (CALcium MODULated protein)

 

Projekty

GAUK 1538119

Název: Moderní techniky světlem iniciovaného uvolnění elektronu (PIER) a chemického síťování (PIXL) rozšiřující poznatky o azurinu – elektrotransportním cupredoxinu

Doba trvání: 2019- 2021

GA ČR, 19-18005Y

Název: Retenční mechanismus intaktních glykopeptidů v hydrofilní interakční kapalinové chromatografii

Doba trvání: 2019- 2021

UNCE 204025/2012

Název: Moderní technologie pro identifikaci a optimalizaci nádorových léčiv nové generace

Doba trvání: 2012- 2017

GA ČR, P207/12/0627

Název: Interakce savčího mikrosomálního cytochromu P450 s redox partnery-topologie a strukturně-funkční vztahy

Doba trvání: 2012- 2015

GAUK, 903413/2012

Název: Strukturní mapování protein-proteinových interakcí pomocí fotoaktivovatelných proteinových nanosond a hmotnostní spektrometrie

Doba trvání: 2013-2014

GAUK 258179

Název: Mapování struktury interaktomu lidského regulačního proteinu 14-3-3

Doba trvání: 2010- 2012

Vypsané/Školené/Obhájené práce

Miroslav Šulc

Tomáš Ječmen

Adriana Osičková

Renata Ptáčková

 

Publikace

2018

Osickova A, Balashova N, Masin J, Sulc M, Roderova J, Wald T, Brown AC, Koufos E, Chang EH, Giannakakis A, Lally ET, Osicka R.; Cytotoxic activity of Kingella kingae RtxA toxin depends on post-translational acylation of lysine residues and cholesterol binding. Emerg Microbes Infect. 2018 Nov 7;7(1):178. doi: 10.1038/s41426-018-0179-x.

Zahradník J, Kolenko P, Palyzová A, Černý J, Kolářová L, Kyslíková E, Marešová H, Grulich M, Nunvar J, Šulc M, Kyslík P, Schneider B.; The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form. PLoS One. 2018 Apr 9;13(4):e0195299. doi: 10.1371/journal.pone.0195299.

2016

Šulc, M.; Indra, R.; Moserová, M.; Schmeiser, H.; Frei, E.; Arlt, V.; Stiborová, M.; The impact of individual cytochrome P450 enzymes on oxidative metabolism of benzo[a]pyrene in human livers. Environmental and Molecular Mutagenesis, 2016, Roč. 57, č. 3, s.229-235. IF 2.63 DOI: 10.1002/em.22001

Mrízová, I.; Moserová, M.; Milichovský, J.; Šulc, M.; Kizek, R.; Kopečková, K.; Arlt, V.; Stiborová, M.; Heterologous expression of human cytochrome P450 2S1 in Escherichia coli and investigation of its role in metabolism of benzo[a]pyrene and ellipticine. Monatshefte für Chemie, 2016, Roč. 147, č. 5, s.881-888. DOI: 10.1007/s00706-016-1738-2

Stiborová, M.; Indra, R.; Moserová, M.; Šulc, M.; Hodek, P.; Frei, E.; Schmeiser, H.; Arlt, V.; NADPH- and NADH-dependent metabolism of and DNA adduct formation by benzo[a]pyrene catalyzed with rat hepatic microsomes and cytochrome P450 1A1. Monatshefte für Chemie, 2016, Roč. 147, č. 5, s.847-855. DOI: 10.1007/s00706-016-1713-y

Wald, T.; Osičková, A.; Mašín, J.; Matyska Lišková, P.; Petry-Podgorska, I.; Matoušek, T.; Šebo, P.; Osička, R.; Transmembrane segments of complement receptor 3 do not participate in cytotoxic activities but determine receptor structure required for action of Bordetella adenylate cyclase toxin. Pathogens and Disease, 2016, Roč. 74, č. 3, s.nestránkováno. DOI: 10.1093/femspd/ftw008

Mašín, J.; Osičková, A.; Sukova, A.; Fišer, R.; Halada, P.; Bumba, L.; Linhartova, I.; Osička, R.; Šebo, P.; Negatively charged residues of the segment linking the enzyme and cytolysin moieties restrict the membrane-permeabilizing capacity of adenylate cyclase toxin. Scientific Reports, 2016, Roč. 6, č. SEP 1 2016, s.1-14. DOI: 10.1038/srep29137

Jirků, M.; Lánský, Z.; Bednárová, L.; Šulc, M.; Monincová, L.; Majer, P.; Vyklický, L.; Vondrášek, J.; Teisinger, J.; Boušová, K.; The characterization of a novel S100A1 binding site in the N-terminus of TRPM1. International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 2016, Roč. 78, č. September 2016, s.186-193. DOI: 10.1016/j.biocel.2016.07.014

Maňásková-Postlerová, P.; Cozlová, N.; Dorosh, A.; Šulc, M.; Guyonnet, B.; Jonáková, V.; Acrosin inhibitor detection along the boar epididymis. International Journal of Biological Macromolecules, 2016, Roč. 82, č. January 2016, s.733-739. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2015.10.034

Šulc, M.; Mrízová, I.; Černá, T.; Frei, E.; Eckschlager, T.; Adam, V.; Kopečková, K.; Stiborová, M.; Effectiveness of human cytochrome P450 3A4 present in liposomal and microsomal nanoparticles in formation of covalent DNA adducts by ellipticine. Neuroendocrinology Letters, 2016, Roč. 37, č. Suppl. 1, s.95-102.

2015

Ječmen T, Ptáčková R, Černá V, Dračínská H, Hodek P, Stiborová M, Hudeček J, Šulc M.; Photo-initiated crosslinking extends mapping of the protein-protein interface to membrane-embedded portions of cytochromes P450 2B4 and b₅. Methods. 2015 Nov 1;89:128-37. doi: 10.1016/j.ymeth.2015.07.015.

Vimberg V, Kuzma M, Stodůlková E, Novák P, Bednárová L, Šulc M, Gažák R.; Hydnocarpin-Type Flavonolignans: Semisynthesis and Inhibitory Effects on Staphylococcus aureus Biofilm Formation. J Nat Prod. 2015 Aug 28;78(8):2095-103. doi: 10.1021/acs.jnatprod.5b00430.

Bousova K, Jirku M, Bumba L, Bednarova L, Sulc M, Franek M, Vyklicky L, Vondrasek J, Teisinger J.; PIP2 and PIP3 interact with N-terminus region of TRPM4 channel. Biophys Chem. 2015 Oct;205:24-32. doi: 10.1016/j.bpc.2015.06.004.

Zigo M, Dorosh A, Pohlová A, Jonáková V, Šulc M, Maňásková-Postlerová P.; Panel of monoclonal antibodies to sperm surface proteins as a tool for monitoring localization and identification of sperm-zona pellucida receptors. Cell Tissue Res. 2015 Mar;359(3):895-908. doi: 10.1007/s00441-014-2072-9.

 

Spolupráce

Akademická pracoviště

Proteome Centre, UVIC, Canada

Texas Medical School, University of Texas, Houston, USA

School Of Biological & Chemical Sciences, Queen Mary University of London, UK

Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, Praha

Mikrobiologický ústav  AV ČR, Praha

BIOCEV, Praha

Průmysl a komerční sféra

Zentiva, a.s., CZ (2013–2014)

BEDO (Thailand, 2015-2016)

 

Zajímavosti

Vizitka Týmu (anglicky)

 

Výuka (Katedra biochemie, PřF UK)

MC250P51 - Aplikovaná biochemie (LS, rozsahu 2/0, 3 kredity)

MC250P70 - Život - molekuly a biochemie (ZS, rozsahu 2/1, 3 kredity)

MC250P08 - Biochemie a biologie mikroorganismů (LS, rozsahu 2/0, 3 kredity)

MC250P09A - Metody biochemie (ZS, rozsahu 2/0, 3 kredity)

MC250P09B - Metody studia biomolekul (ZS, rozsahu 2/0, 4 kredity)

MC250C09 - Praktická cvičení z biologie a biochemie mikroorganismů (LS, rozsahu 0/1, 1 kredit)

MC250C31N - Biochemické praktikum

MC250C32N - Biochemické praktikum pro učitele

MC250P40B - Biochemie II (KATA)

MC250C23 - Cvičení z biochemie

MC250C33 - Cvičení z biochemie pro učitele

16 - obhájené bakalářské práce

6 - obhájených magisterských prácí

3 - obhájená disertační práce

3 - SOČ práce

Alumni

Dominik Musil – Mgr. student virologie

Andrea Tichá - Bc. studentka

Zina Briki - 3. místo v krajském kole SOČ, Bc. studentka VŠCHT

David Landl - Mgr. student KACh

Radek Žídek - Mgr. student KACh

Kristýna Beňová – Mgr. studentka FJFI

Kateřina Pešlová/Haladová – MU Vestec

Martina Mazurová - učitelka SŠ

Jana Štrohalmová - farmaceutická firma

Antonín Knížek - PhD. student KFMCH, cena SSJMM za dipl. práci

Jiří Zahradník - úspěšná obhajoba PhD, BIOCEV, WI Izrael

Jana Michalová/Linhartová – MD

 

 

Akce dokumentů