Mapová sbírka vznikla zároveň s Geografickým ústavem UK (1891). V roce 1913 byla přestěhována na Albertov 6, Praha 2, kde sídlí nepřetržitě dodnes v unikátním historickém interiéru. V roce 1920 vznikla Přírodovědecká fakulta a zároveň byla na návrh prof. Václava Švambery ustanovena Státní sbírka mapová ČSR MK. Získala část válečného archivu z Vídně a velké finanční dotace na akvizice. Po 2. světové válce přibylo množství dokumentů z konfiskátů. Vzhledem k záměru vybudovat vskutku národní sbírku, byly včleněny i mapové sbírky Národní knihovny a Národního muzea. Prof. Karel Kuchař, jeden z nejvýznamnějších českých historických kartografů, vedl sbírku v letech 1945-1973. Mapová sbírka tehdy vydávala nejen časopis Kartografický přehled, ale měla i vlastní publikační činnost. V roce 1953 byla Mapová sbírka včleněna do ČSAV, Nejprve jako Kabinet kartografie, později byla součástí Geografického ústavu AV. Ten byl v roce 1993 zrušen a Mapová sbírka se ve značně zbědovaném stavu navrátila původnímu vlastníkovi. (detailně viz historie MS). V  Mapové sbírce UK působily další významné osobnosti historické kartografie jako dr. Ivan Kupčík, Dr. Olga Kudrnovská, doc. Ludvík Mucha, ad. K dispozici byly pouze lístkové katalogy různé úrovně. V roce 2010 bylo započato s přípravami k rekonstrukci sbírky. Snahou bylo provést rekonstrukci původního interiéru (viz rekonstrukce MS).

Mapová sbírka v roce 2013. Foto M. Kowalski

Sbírka obsahuje podle poslední revize z roku 1980 kolem 130 000 map, 2000 atlasů a 60 globů. Přibližně polovinu této sbírky tvoří staré tisky. Svým rozsahem i obsahem je unikátní univerzitní sbírkou v celé Střední Evropě. Podobné univerzitní sbírky se nacházejí až v Paříži nebo v Oslu. Obsahuje nejvýznamnější díla významných kartografů domácích, např. Klaudyána, Crigingera, Aretina,  Podolského, Komenského, Hollara, Vogta, Müllera, Helwiga. Výpravné sběratelské a tematické atlasy (historické, astronomické, vojenské, atd.), atlasy kartografických mistrů a umělců jako byli Mercator, Ortelius, de Jode, Hondius, nebo Janzoon jež vystupoval pod pseudonymem Vilém Blaeu. Sbírka má též cenné globy od 17. století. Nejstarší datovaná díla pocházejí z 16. století. Ve sbírce byly také objeveny originální rukopisy 3. vojenského mapování v měřítku 1:25 000. Díky projektu TEMAP (2011-2015) získala sbírka finanční prostředky na zaměstnance pro odbornou katalogizaci a digitalizaci. Zároveň probíhá revize, čištění, balení, stěhování a přesignování fondu.

Stav Mapové sbírky v roce 2010. Foto Mgr. Petr Jan Juračka