Důvěřuj, ale prověřuj: Aspergillus – jeden příklad za všechny
Při identifikaci druhů rodu Aspergillus molekulárními metodami totiž dochází k potížím ve specifitě používaných primerů (krátký řetězec nukleotidů sloužící jako počáteční místo pro replikaci DNA sekvence). Hlavním aktérem v tomto případu byl ß-tubulin a jeho paralogy benA a tubC, ten druhý z dvojice je právě často zaměňován za benA (gen významný pro taxonomii hub). Primery dosud používané pro množení části genu pro ß-tubulin nebyly dostatečně specifické, takže docházelo k nesprávné identifikaci těchto dvou paralogních genů. Dvojice vědců se tedy zhostila nelehkého úkolu pokusit se tyto dva „chameleonské“ geny rozlišit. A sklidila úspěch. Podařilo se jim totiž navrhnout nový primer (Ben2f), vysoce specifický k paralogu benA. Ten by měl do budoucna vyřešit problém se zaměňováním obou genů a usnadnit práci jak taxonomům, tak běžným uživatelům z řad mykologů, lékařů a pracovníků v potravinářství, kteří gen benA používají pro rutinní identifikaci druhů černých aspergilů. Během tohoto výzkumu došlo mimojiné i k objevení nového druhu. Ten byl posléze popsán ve spolupráci s jinými autory a pojmenován jako Aspergillus floridensis.
Ve světle těchto výsledků byla taktéž provedena revize skupiny druhů příbuzných Aspergillus aculeatus a vyšlo najevo, že některé druhy dosud považované za samostatné jsou ve skutečnosti totožné. Jsou to A. japonicus a A. fijiensis, které byly synonymizovány s dříve popsanými druhy A.violaceofuscus a A. brunneoviolaceus. Z naší mykologické líhně už přišlo na svět nemálo zajímavých výsledků a budeme se těšit, co dalšího pozoruhodného nám v budoucnosti vyjeví.
Hubka V., Kolařík M., 2012; ß-tubulin paralogue tubC is frequently misidentified as the benA gene in Aspergillus section Nigri taxonomy: primer specifity testing and taxonomic consequences; Persoonia 29, 2012; 1–10.
Radka Nováková
Akce dokumentů