Přijímací zkouška do navazujícího magisterského studia je ústní v rozsahu základních předmětů bakalářského studia oboru Chemie životního prostředí.
Magisterské studium oboru ,,Chemie životního prostředí'' představuje samostatný dvouletý studijní obor, který navazuje na tříleté bakalářské studium. Jedná se o hraniční studijní obor mezi chemií, biologií a dalšími vědami úzce souvisejícími s životním prostředím. Studenti, kteří se na studium hlásí, by měli mít základní znalosti z těchto oborů získané v bakalářském stupni. Během navazujícího magisterského studia absolvují řadu specializovaných přednášek, doplněných praktickými cvičeními, které mají rozšířit jejich pohled na řešení konkrétních úkolů v oblasti ochrany životního prostředí.
Absolventi magisterského studijního oboru ,,Chemie životního prostředí'' najdou uplatnění ve výzkumných i administrativních týmech, v útvarech pro životní prostředí městských a obecních úřadů, a dále v analytických laboratořích a odděleních životního prostředí průmyslových a zemědělských podniků.
Státní závěrečná zkouška (SZZK) sestává ze dvou částí – veřejné obhajoby diplomové práce a ústní zkoušky, složené ze tří tematických okruhů. Tematický okruh Metody v analýze ŽP zahrnuje předměty Analytická chemie životního prostředí, Separační metody, Spektrální metody a Elektrochemické metody. Obhajoba diplomové práce předchází části SZ2.
| Kód | předmět | vyučující | rozsah | kredity | semestr |
| MC230P59 | Ekotoxikologie | Čabala, R. | 2/0 Zk | 3 | Z |
| MB110P07 | Ekologie člověka | Sládek, V. | 2/0 Zk | 2 3 | Z |
| MO550P66 | Úvod do environmentální informatiky | Matějíček, L. | 2/2 Z | 4 | Z |
| MC240P48 | Koordinační a supramolekulární chemieZ | Lukeš, I. | 2/0 Zk | 3 | Z |
| MC260MP4Z | Diplomový projekt (CHZP) | 0/5 Z | 5 | Z | |
| MC250P24 | Xenobiochemie | Stiborová, M. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MC260P77 | Chemie životního prostředí IIP | Tesařová, E. | 2/2 Z | 4 | L |
| MC250P51 | Aplikovaná biochemie | Šulc, M. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MC260MP4L | Diplomový projekt (CHZP) | 0/10 Z | 10 | L | |
| Povinné předměty celkem | 37 38 |
| Kód | předmět | vyučující | rozsah | kredity | semestr |
| MC260S01 | Seminář k diplomové práci | Tesařová, E. | 0/1 Z | 1 | Z |
| MC260S03 | Seminář k diplomové práci | Tesařová, E. | 0/1 Z | 1 | L |
| MC260MP5Z | Diplomový projekt (CHZP) | 0/22 Z | 25 | Z | |
| MC260MP5L | Diplomový projekt (CHZP) | 0/25 Z | 30 | L | |
| Povinné předměty celkem | 57 |
Vzhledem k tematickým okruhům pro SZZK se doporučuje studentům, kteří v bakalářském studiu neabsolvovali předmět Analytická chemie životního prostředí, aby si jej zařadili do svého studijního plánu.
| Kód | předmět | vyučující | rozsah | kredity | semestr |
| MC260P44 | Biofyzikální chemie I | Obšil, T. | 3/2 Zk | 6 | Z |
| MC260S30 | Aplikace matematiky v chemické praxi!! | Ušelová, K. | 0/2 Z | 2 | Z |
| MO550S07 | Organizace a řízení ochrany ŽPN | Braniš, M. | 1/1 Z | 4 | Z |
| MO550P65 | Posuzování vlivů na životní prostředí!!ZN | Braniš, M. | 1/1 Z+Zk | 3 | Z |
| MB140P36 | Genové inženýrství | Vopálenský, V. | 3/2 Z+Zk | 6 | Z |
| MB170P29 | Populační ekologie | Jarošík, V. | 3/0 Zk | 5 | Z |
| MC260P07 | Elektromigrační separační procesy | Gaš, B. | 2/1 Zk | 4 | Z |
| MC260P78 | Makromolekulární chemie II | Vohlídal, J. | 3/2 Z+Zk | 6 | Z |
| MB170P01 | BiogeografieN | Lučan, R. | 2/0 Zk | 4 | Z |
| MO550P55 | Odpady | Benešová, L. | 2/1 Z+Zk | 4 | Z |
| MB162P04 | Environmentální ekologie živočichů | Frouz, J. | 2/0 Zk | 3 | Z |
| MZ330P462 | Vodohospodářský management a ochrana vod | Matoušková, M. | 2/1 Z | 2 | Z |
| MC230P11 | Analýza mikrobiálních toxinů | Flieger, M. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MO550P31 | Hygiena | Bencko, V. | 2/2 Zk | 3 | Z |
| MO550P51 | Environmentální informatika — turnusové cvičení | Matějíček, L. | 0/3[D] Z | 3 | L |
| MO550P82 | Vodní organismy | Stuchlík, E., Hořická, Z. | 2/2 Z+Zk | 4 | L |
| MB120P35 | Ekologie rostlinZN | Sklenář, P. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MC260P73 | Management a podnikání v chemii | Svoboda, M. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MB140P37 | Struktura a vlastnosti inf. biopolymerů | Fišer, R. | 3/2 Zk | 5 | L |
| MC270P39 | Detekce ionizujícího záření a dozimetrie | John, J. | 3/0 Zk | 3 | L |
| MB150P11 | Vývojová biologie | Krylov, V., Macůrková, M. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MB120P05 | Terestrické ekosystémy | Sklenář, P. | 2/2 Z+Zk | 4 | L |
| MO550P19 | Environmentální modelování | Matějíček, L. | 2/2 Z+Zk | 4 | Z |
| MO550C55 | Stopová analýza v ŽP!! | Hovorka, J. | 0/5[D] Z | 2 | L |
| MO550P56 | Stopová analýza v ŽP!! | Hovorka, J. | 2/0 Zk | 4 | L |
| MC260P46 | Biomakromolekulární chemie | Rypáček, F. | 2/1 Zk | 4 | L |
| MC230P22 | Informace v analytické chemii | Nesměrák, K. | 1/1 Zk | 2 | L |
| MC230P45 | Spektrometrické metody | Rychlovský, P. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MC230P51 | Separační metody (kata) | Coufal, P. | 3/0 Zk | 4 | L |
| MC230P46 | Elektroanalytické metody | Opekar, F. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MC240T37 | ExkurzeZ | Havlíček, D. | 1/0[T] Z | 1 | L |
| MC260P101 | Fytoremediace | Soudek, P. | 1/0 Zk | 2 | Z |
| MS710P26 | Prezentace výsledků a zpracování experimentálních dat | Hudecová, Š. | 0/2 Z | 2 | Z |
| MC260P108 | Bezpečnost chemických technologií a prevence rizik | Skřehot, P. | 2/1 Z+Zk | 3 | L |
| MO550P76 | Environmentální chemie | Hovorka, J. | 2/0 Zk | 4 | L |
| MC230P22 | Informace v analytické chemii | Nesměrák, K. | 1/1 Zk | 2 | L |
| MC230C16 | Praktikum ze separačních metod | Bosáková, Z. | 0/2[D] Z | 4 | L |
| MC230P62 | Advances in Electroanalytical Chemistry | Pecková, K. | 2/0 Zk | 3 | Z |
| MC230P63 | Advances in Separation Science | Křížek, T. | 2/0 Zk | 3 | L |
| MC230P65 | Advances in Analytical Spectrometric Methods | Hraníček, J. | 2/0 Zk | 3 | Z |