CESNET DÚ - Prezentace, případové studie a anotace projektů
Autoři: Tomáš Petrus, Jiří Janyška | Poslední změna: 1.6. 2016
Prezentace
Výsledky a zkušenosti z pilotního provozu DÚ CESNET byly prezentovány na semináři vedoucích a správců IT pracovišť 14.5.2015. Na semináři byly rovněž prezentovány případové studie skupin KRNAP a YCG k využití DÚ CESNET. Účastníci v diskuzi a dotazníkovým šetřením projevili zájem o další zapojení v projektu.
Případové studie
YCG (Yeast Colony Group)
Dobře zavedené odborné pracoviště pod záštitou Katedry genetiky a mikrobiologie PřF UK a nově také jako součást projektu BIOCEV se dlouhodobě zabývá genetikou, morfologií, růstovou dynamikou a dalšími aspekty kvasinek. Produkuje významná data, například snímky z mikroskopů ve vysokém rozlišení a genomická data. DÚ CESNET využívá jako sdílený prostor pro správu dat, vzhledem ke specifickému požadavků na řešení přístupových práv do úložiště přistupuje nepřímo s využitím fakultního virtuálního serveru.
KAGIK + data z KRNAP
Pracovníci katedry aplikované geoinformatiky a kartografie zpracovávají vědecká data (ortofota, hyperspektrální data AISA a APEX, digitální modely terénu a povrchu) z Krkonošského národní parku. Data měli uloženy na fyzických nosičích (HDD) a jejich přenos a zpracování bylo velmi nekomfortní. V rámci DÚ CESNET byla vytvořena skupina a došlo ke zkopírování dat z HDD. Celkový objem je cca 15TB.
Anotace dalších projektů
Data z laboratoře cytogenetiky pavoukovců
Pracovníci katedry zoologie z důvodu nedostatečné kapacity dosavadních NAS potřebovali vyřešit uložení produkčních data z mikroskopu a sdílení literatury v rámci výzkumné skupiny biologie pavoukovců. Byla vytvořena skupina pro sdílení v DÚ CESNET. Jako komunikační program byla zvolena Filezilla a protokol SFTP kvůli požadavku na zachování datumu vytvoření souborů.
Záloha dat z Laboratoře konfokální a fluorescenční mikroskopie (LKFM)
Projekt analogický s laboratoří cytogenetiky pavoukovců - požadavek na ukládání a zálohu dat z konfokálního mikroskopu. Opět řešeno skupinou v DÚ CESNET a přístupem přes Filezillu
Mapová sbírka
Ve své podstatě se jedná o specializovanou knihovnu se všemi důsledky v podobě nároků na odbornou hodnotu, kvalitu a rozsah spravovaných položek. Mapová sbírka PřF UK do DÚ CESNET ukládá skeny map i jiných historických materiálů ve vysokém rozlišení. Veřejnosti podstatnou část těchto dat zpřístupnila prostřednictvím specializovaného mapového serveru.
Knihovna geografife
Knihovny jsou typickým zástupcem pracovišť, která spravují data mimořádné hodnoty a velkého rozsahu. Knihovna geografie do DÚ CESNET přesunula svůj elektronický archiv s velkým množstvím různorodých materiálů v digitální podobě.
Archiv multimediálních dat
Prof. Flegr z katedry filosofie a dějin přírodních věd poptával možnost archivace záznamů z přednášek Biologických čtvrtků a uložení archivu fotografií Otto Jírovce a Jiří Bauma. Byly proto vytvořeny dvě skupiny v DÚ CESNET a proběhla migrace dat.
Herbářové sbírky
Prostřednictvím botanického pracoviště Herbářové sbírky je fakulta zapojena do mezinárodní sítě digitalizovaných herbářů. Základem jsou skeny reálných položek ve vysokém rozlišení a jejich databáze dostupná odborné i laické veřejnosti. Centrální databáze a webové servery běží v Rakousku, naše instituce přispěla image-serverem, který se opírá o skeny z pražských sbírek, uložené v DÚ CESNET.
Jak uvádí v přiložené zprávě vedoucí Herbářových sbírek PřF UK doc. Patrik Mráz:
“Vďaka veľmi efektívnej spolupráci s CITom bola vyriešená archivácia skenov herbárových dokladov s vysokým rozlíšením na úložisku CESNETu…Pracovníci CITu v spolupráci s IT oddelením Viedenskej Univerzity navyše zabezpečili vytváranie náhľadov a zobrazovanie skenov typových dokladov našich zbierok prostredníctvom systému JACQ priamo zo servera CESNETu.”
Sekvenační data Katedry zoologie - Laboratoře EEI
Záloha a archiv sekvenačních dat DNA ze sekvenátorů nové generace. Data jsou zdrojem pro popis sekvenční variabilitu zkoumaných ptačích jedinců a pro studium vztahů mezi sekvenční a expresní variabilitou, pro stanovení variability orálních a intestinálních mikrobiálních společenstev ptáků. Výzkumný tým se podílí i na vytváření národní genetické banky živočichů.
Akce dokumentů