Modelování biomolekul
Kontakt
Katedra biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy
Hlavova 2030/8, 1. patro, dveře 215
tel: +420 221 951 280
e-mail: vaclav.martinek(at)natur.cuni.cz
Lidé
Jaroslav Stránský – Bc. student
Výzkum
Metabolizmus cizorodých látek
– cytochromy P450, cytochrom b5 a další retikulární proteiny
Vývoj vakcíny proti Lymské borelióze
– konstrukce termostabilních fragmegmentů proteinu OspA
Signální proteiny lidksých patogenů
– kinasy, fosfatasy a signální nukleotidy
Metody výzkumu
Molekulová dynamika
– studium chování proteinů v reálném čase na atomární úrovni
Protein-proteinivý docking
– predikce struktur proteinových komplexů
Protein-ligandový docking
– predikce struktur komplexů proteinů s ligandy
Homologní modelování
– predikce struktury proteinu na základě struktury jemu příbuzných proteinů
Publikace
Kuipers K., Gallay C., Martínek V., Rohde M., Martínková M., van der Beek S.L., Jong W.S., Venselaar H., Zomer A., Bootsma H., Veening J.W., de Jonge M.I. 2016 Highly conserved nucleotide phosphatase essential for membrane lipid homeostasis in Streptococcus pneumoniae 101(1):12-26 IF2016=3.898
Martínek V., Bárta F., Hodek P., Frei E., Schmeiser H.H., Arlt V.M., Stiborová M. 2017: Comparison of the oxidation of carcinogenic aristolochic acid I and II by microsomal cytochromes P450 in vitro: experimental and theoretical approaches. Monatshefte für Chemie 148(11):1971-1981 IF2017=1.285
Jeřábek P., Florián J, and Martínek V. 2016: Membrane-anchored cytochrome P450 1A2–cytochrome b5 complex: Structure and dynamics. Chemical Research in Toxicology 29: 626-636 IF2016= 4.123
Jeřábek P., Florián J, and Martínek V. 2016: Lipid molecules can induce an opening of membrane-facing tunnels in cytochrome P450 1A2. Physical Chemistry Chemical Physics 14:30344-30356 IF2016= 3.278
Jeřábek P., Florián J, Stiborova M. and Martínek V. 2014: Flexible Docking-Based Molecular Dynamics/Steered Molecular Dynamics Calculations of Protein–Protein Contacts in a Complex of Cytochrome P450 1A2 with Cytochrome b5. Biochemistry 53: 6695-6705 IF2014=3.015
Spolupráce
Jan Florián, Loyola University Chicago, Spojené státy americké
Milan Raška, Univerzita Paleckého v Olomouci, Česká republika
Marien I. de Jonge, Radboud University Medical Center, Nizozemsko
Výuka (Katedra biochemie, PřF UK)
MC250P07B – Internet a Bioinformatika
MC250C17N – Pokročilé praktikum z biochemie
MC250C03 – Pokročilé praktikum z biochemie pro KATA
MC250P03B – Biochemie II
Akce dokumentů