Laboratoř struktury
a funkce biomolekul
Novinky
Úspěšné stěhování a instalace MALDI-TOF MS AUTOFLEX II do společné místnosti s KACh (2020/08/25)
Získali jsme nový GAČR projekt 20-28126S: Světlem iniciované chemické síťování a uvolnění elektronu: metody pro strukturně funkční studium proteinů
Instalace mikroHPLC Agilent Inf1290 (2019/10/21-23)
Úspěšná výměna turbopumpy u ESI/APCI-qTOF MS maXis PLUS (2019/10/11)
Úspěšná výměna oken u ESI/APCI-qTOF MS maXis PLUS = konečně zase měříme (2019/08/22-30)
Roman získal projekt GAUK na studium azurinu :-)
Tomáš je členem týmu nového GAČR projektu ve spolupráci s KACh (Dr. Petr Kozlík)
Úspěšné stěhování ESI/APCI-qTOF MS maXis PLUS do společné místnosti s KACh (2018/11/14-16)
Kontakt
Katedra biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy
Hlavova 2030/8, 1. patro, dveře 216
tel: +420 221 951 281
e-mail: miroslav.sulc (at) natur.cuni.cz
Lidé
Miroslav Šulc – vedoucí skupiny
Tomáš Ječmen – juniorní člen
Adriana Osičková – částečný úvazek, juniorní členka
Renata Ptáčková – částečný úvazek, juniorní členka
Aleš Ďuriš – manažer laboratoře
Vladimír Ondruška – ext. PhD. student
Roman Tuzhilkin – int. PhD. student
Tomáš Bortel – NMrg. student
Terka – středoškolská studentka (SOČ)
Cíle
Strukturní a funkční hmotnostní spektrometrie (MS)
– Vývoj nových method
– Světlem indukované chemické síťování interagujících proteinů – PIXL (z angl. Photo-Induced Cross-Linking)
– Přenos elektronu v proteinech – PIER (z angl. Photo-Induced Electron Release)
* Cupredoxin – azurin (P. aeruginosa)
– Studium klinicky relevantních protein-proteinových interakcí
MFO systém metabolismu xenobiotik
– Interakce membránových proteinů (cytochrom b5, cytochrom P450, a jejich reduktasy)
Bakteriální pathogenese
– Interakce CyaA toxinu (B. pertusis)
– Interakce Azurinu (P. aeruginosa)
Interakce regulačních proteinů
– Interakce proteinů s vazebnými partnery
* eukaryotní 14-3-3
* lidský kalmodulin (CALcium MODULated protein)
Projekty
GAČR 20-28126S
Název: Světlem iniciované chemické síťování a uvolnění elektronu: metody pro strukturně funkční studium proteinů
Doba trvání: 2020 – 2022
GAUK 1538119
Název: Moderní techniky světlem iniciovaného uvolnění elektronu (PIER) a chemického síťování (PIXL) rozšiřující poznatky o azurinu – elektrotransportním cupredoxinu
Doba trvání: 2019 – 2021
GA ČR, 19-18005Y
Název: Retenční mechanismus intaktních glykopeptidů v hydrofilní interakční kapalinové chromatografii
Doba trvání: 2019 – 2021
UNCE 204025/2012
Název: Moderní technologie pro identifikaci a optimalizaci nádorových léčiv nové generace
Doba trvání: 2012 – 2017
GA ČR, P207/12/0627
Název: Interakce savčího mikrosomálního cytochromu P450 s redox partnery-topologie a strukturně-funkční vztahy
Doba trvání: 2012 – 2015
GAUK, 903413/2012
Název: Strukturní mapování protein-proteinových interakcí pomocí fotoaktivovatelných proteinových nanosond a hmotnostní spektrometrie
Doba trvání: 2013 – 2014
GAUK 258179
Název: Mapování struktury interaktomu lidského regulačního proteinu 14-3-3
Doba trvání: 2010 – 2012
Vypsané/Školené/Obhájené práce
Publikace
2022
Kozlík, P.; Molnárová, K.; Ječmen, T.; Křížek, T.; Bosáková, Z.; Prediction of Intact N-Glycopeptide Retention Time Windows in Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography. Molecules, 2022, Roč. 27, č. 12, s.nestránkováno. DOI: 10.3390/molecules27123723
Hálková, T.; Ptáčková, R.; Semyakina, A.; Suchánek, Š.; Traboulsi, E.; Ngo, O.; Hejcmanova, K.; Majek, O.; Bures, J.; Zavoral, M.; Minárik, M.; Benesova, L.; Somatic Mutations in Exon 7 of the TP53 Gene in Index Colorectal Lesions Are Associated with the Early Occurrence of Metachronous Adenoma. Cancers, 2022, Roč. 14, č. 12, s.nestránkováno. DOI: 10.3390/cancers14122823
Benesova, L.; Ptáčková, R.; Hálková, T.; Semyakina, A.; Svatoň, M.; Fiala, O.; Pešek, M.; Minárik, M.; Detection and Quantification of ctDNA for Longitudinal Monitoring of Treatment in Non-Small Cell Lung Cancer Patients Using a Universal Mutant Detection Assay by Denaturing Capillary Electrophoresis. Pathology & Oncology Research, 2022, Roč. 28, č. Special Issue, s.nestránkováno. DOI: 10.3389/pore.2022.1610308
Filipi, K.; Rahman, WU.; Osičková, A.; Osička, R.; Kingella kingae RtxA Cytotoxin in the Context of Other RTX Toxins. Microorganisms [online], 2022, Roč. 10, č. 3, s.nestránkováno. DOI: 10.3390/microorganisms10030518
Golshani, M.; Rahman, WU.; Osičková, A.; Holubová, J.; Lora, J.; Balashova, N.; Šebo, P.; Osička, R.; Filamentous Hemagglutinin of Bordetella pertussis Does Not Interact with the β2 Integrin CD11b/CD18. International Journal of Molecular Sciences [online], 2022, Roč. 23, č. 20, s.nestránkováno. DOI: 10.3390/ijms232012598
Tuzhilkin, R.; Šulc, M.; Modelové cupredoxiny (azurin a další) využívané pro studium strukturně funkčních vztahů elektron-transportních systémů proteinové povahy. Bioprospect, 2022, Roč. 32, č. 4, s.45-51.
2021
Molnárová, K.; Ďuriš, A.; Ječmen, T.; Kozlík, P.; Comparison of human IgG glycopeptides separation using mixed-mode hydrophilic interaction/ion-exchange liquid chromatography and reversed-phase mode. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, Roč. 413, č. 16, s.4321-4328. DOI: 10.1007/s00216-021-03388-3
2020
Osičková, A.; Khaliq, H.; Mašín, J.; Jurnečka, D.; Suková, A.; Fišer, R.; Holubová, J.; Staněk, O.; Šebo, P.; Osička, R.; Acyltransferase-mediated selection of the length of the fatty acyl chain and of the acylation site governs activation of bacterial RTX toxins. Journal of Biological Chemistry, 2020, Roč. 295, č. 28, s.9268-9280. DOI: 10.1074/jbc.RA120.014122
Mašín, J.; Osičková, A.; Jurnečka, D.; Klímová, N.; Khaliq, H.; Šebo, P.; Osička, R.; Retargeting from the CR3 to the LFA-1 receptor uncovers the adenylyl cyclase enzyme-translocating segment of Bordetella adenylate cyclase toxin. Journal of Biological Chemistry, 2020, Roč. 295, č. 28, s.9349-9365. DOI: 10.1074/jbc.RA120.013630
Kozlík, P.; Molnárová, K.; Ječmen, T.; Křížek, T.; Goldman, R.; Glycan-specific precipitation of glycopeptides in high organic content sample solvents used in HILIC. Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 2020, Roč. 1150, č. August, s.nestránkováno. DOI: 10.1016/j.jchromb.2020.122196
Stoszko, M.; Al-Hatmi, AMS.; Skriba, A.; Roling, M.; Ne, E.; Crespo, R.; Mueller, YM.; Najafzadeh, MJ.; Kang, J.; Ptáčková, R.; LeMasters, E.; Biswas, P.; Bertoldi, A.; Kan, TW.; de Crignis, E.; Šulc, M.; Lebbink, L.; Rokx, C.; Verbon, A.; van Ijcken, W.; Katsikis, PD.; Palstra, R.; Havlíček, V.; de Hoog, S.; Mahmoudi, T.; Gliotoxin, identified from a screen of fungal metabolites, disrupts 7SK snRNP, releases P-TEFb, and reverses HIV-1 latency. Science advances [online], 2020, Roč. 6, č. 33, s.nestránkováno. DOI: 10.1126/sciadv.aba6617
Rahman, WU.; Osičková, A.; Klímová, N.; Lora, J.; Balashova, N.; Osička, R.; Binding of Kingella kingae RtxA Toxin Depends on Cell Surface Oligosaccharides, but Not on beta(2) Integrins. International Journal of Molecular Sciences [online], 2020, Roč. 21, č. 23, s.nestránkováno. DOI: 10.3390/ijms21239092
Skotnicová, A.; Boubínová, G.; Boštíková, Z.; Dušková, Š.; Šulc, M.; Kutinová Canová, N.; Mráz, J.; Hodek, P.; Does Dihydromyricetin Impact on Alcohol Metabolism. Physiological Research, 2020, Roč. 69, č. Suplement 4, s.S573-S581. DOI: 10.33549/physiolres.934606
2019
Staněk, O.; Mašín, J.; Osička, R.; Jurnečka, D.; Osičková, A.; Šebo, P.; Rapid Purification of Endotoxin-Free RTX Toxins. Toxins, 2019, Roč. 11, č. 6, s.nestránkováno. DOI: 10.3390/toxins11060336
2018
Osickova A, Balashova N, Masin J, Sulc M, Roderova J, Wald T, Brown AC, Koufos E, Chang EH, Giannakakis A, Lally ET, Osicka R.; Cytotoxic activity of Kingella kingae RtxA toxin depends on post-translational acylation of lysine residues and cholesterol binding. Emerg Microbes Infect. 2018 Nov 7;7(1):178. doi: 10.1038/s41426-018-0179-x.
Zahradník J, Kolenko P, Palyzová A, Černý J, Kolářová L, Kyslíková E, Marešová H, Grulich M, Nunvar J, Šulc M, Kyslík P, Schneider B.; The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form. PLoS One. 2018 Apr 9;13(4):e0195299. doi: 10.1371/journal.pone.0195299.
2016
Šulc, M.; Indra, R.; Moserová, M.; Schmeiser, H.; Frei, E.; Arlt, V.; Stiborová, M.; The impact of individual cytochrome P450 enzymes on oxidative metabolism of benzo[a]pyrene in human livers. Environmental and Molecular Mutagenesis, 2016, Roč. 57, č. 3, s.229-235. IF 2.63 DOI: 10.1002/em.22001
Mrízová, I.; Moserová, M.; Milichovský, J.; Šulc, M.; Kizek, R.; Kopečková, K.; Arlt, V.; Stiborová, M.; Heterologous expression of human cytochrome P450 2S1 in Escherichia coli and investigation of its role in metabolism of benzo[a]pyrene and ellipticine. Monatshefte für Chemie, 2016, Roč. 147, č. 5, s.881-888. DOI: 10.1007/s00706-016-1738-2
Stiborová, M.; Indra, R.; Moserová, M.; Šulc, M.; Hodek, P.; Frei, E.; Schmeiser, H.; Arlt, V.; NADPH- and NADH-dependent metabolism of and DNA adduct formation by benzo[a]pyrene catalyzed with rat hepatic microsomes and cytochrome P450 1A1. Monatshefte für Chemie, 2016, Roč. 147, č. 5, s.847-855. DOI: 10.1007/s00706-016-1713-y
Wald, T.; Osičková, A.; Mašín, J.; Matyska Lišková, P.; Petry-Podgorska, I.; Matoušek, T.; Šebo, P.; Osička, R.; Transmembrane segments of complement receptor 3 do not participate in cytotoxic activities but determine receptor structure required for action of Bordetella adenylate cyclase toxin. Pathogens and Disease, 2016, Roč. 74, č. 3, s.nestránkováno. DOI: 10.1093/femspd/ftw008
Mašín, J.; Osičková, A.; Sukova, A.; Fišer, R.; Halada, P.; Bumba, L.; Linhartova, I.; Osička, R.; Šebo, P.; Negatively charged residues of the segment linking the enzyme and cytolysin moieties restrict the membrane-permeabilizing capacity of adenylate cyclase toxin. Scientific Reports, 2016, Roč. 6, č. SEP 1 2016, s.1-14. DOI: 10.1038/srep29137
Jirků, M.; Lánský, Z.; Bednárová, L.; Šulc, M.; Monincová, L.; Majer, P.; Vyklický, L.; Vondrášek, J.; Teisinger, J.; Boušová, K.; The characterization of a novel S100A1 binding site in the N-terminus of TRPM1. International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 2016, Roč. 78, č. September 2016, s.186-193. DOI: 10.1016/j.biocel.2016.07.014
Maňásková-Postlerová, P.; Cozlová, N.; Dorosh, A.; Šulc, M.; Guyonnet, B.; Jonáková, V.; Acrosin inhibitor detection along the boar epididymis. International Journal of Biological Macromolecules, 2016, Roč. 82, č. January 2016, s.733-739. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2015.10.034
Šulc, M.; Mrízová, I.; Černá, T.; Frei, E.; Eckschlager, T.; Adam, V.; Kopečková, K.; Stiborová, M.; Effectiveness of human cytochrome P450 3A4 present in liposomal and microsomal nanoparticles in formation of covalent DNA adducts by ellipticine. Neuroendocrinology Letters, 2016, Roč. 37, č. Suppl. 1, s.95-102.
2015
Ječmen T, Ptáčková R, Černá V, Dračínská H, Hodek P, Stiborová M, Hudeček J, Šulc M.; Photo-initiated crosslinking extends mapping of the protein-protein interface to membrane-embedded portions of cytochromes P450 2B4 and b₅. Methods. 2015 Nov 1;89:128-37. doi: 10.1016/j.ymeth.2015.07.015.
Vimberg V, Kuzma M, Stodůlková E, Novák P, Bednárová L, Šulc M, Gažák R.; Hydnocarpin-Type Flavonolignans: Semisynthesis and Inhibitory Effects on Staphylococcus aureus Biofilm Formation. J Nat Prod. 2015 Aug 28;78(8):2095-103. doi: 10.1021/acs.jnatprod.5b00430.
Bousova K, Jirku M, Bumba L, Bednarova L, Sulc M, Franek M, Vyklicky L, Vondrasek J, Teisinger J.; PIP2 and PIP3 interact with N-terminus region of TRPM4 channel. Biophys Chem. 2015 Oct;205:24-32. doi: 10.1016/j.bpc.2015.06.004.
Zigo M, Dorosh A, Pohlová A, Jonáková V, Šulc M, Maňásková-Postlerová P.; Panel of monoclonal antibodies to sperm surface proteins as a tool for monitoring localization and identification of sperm-zona pellucida receptors. Cell Tissue Res. 2015 Mar;359(3):895-908. doi: 10.1007/s00441-014-2072-9.
Spolupráce
Akademická pracoviště
Proteome Centre, UVIC, Canada
School Of Biological & Chemical Sciences, Queen Mary University of London, UK
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, Praha
Mikrobiologický ústav AV ČR, Praha
BIOCEV, Praha
Průmysl a komerční sféra
Zentiva, a.s., CZ (2013–2014)
BEDO (Thailand, 2015-2016)
VUAB Pharma a.s.
Zajímavosti
Výuka (Katedra biochemie, PřF UK)
MC250P51 – Aplikovaná biochemie (LS, rozsahu 2/0, 3 kredity)
MC250P70 – Život – molekuly a biochemie (ZS, rozsahu 2/1, 3 kredity)
MC250P08 – Biochemie a biologie mikroorganismů (LS, rozsahu 2/0, 3 kredity)
MC250P09A – Metody biochemie (ZS, rozsahu 2/0, 3 kredity)
MC250P09B – Metody studia biomolekul (ZS, rozsahu 2/0, 4 kredity)
MC250C09 – Praktická cvičení z biologie a biochemie mikroorganismů (LS, rozsahu 0/1, 1 kredit)
MC250C31N – Biochemické praktikum
MC250C32N – Biochemické praktikum pro učitele
MC250P40B – Biochemie II (KATA)
MC250C23 – Cvičení z biochemie
MC250C33 – Cvičení z biochemie pro učitele
12 – obhájené bakalářské práce
8 – obhájených magisterských prácí
3 – obhájená disertační práce
3 – SOČ práce
Alumni
Anna Rychlá – obhájené Bc.
Albert Málek – obhájené Bc.
Dominik Musil – obhájené Bc., Mgr. student virologie
Andrea Tichá – obhájené Bc.
Zina Briki – 3. místo v krajském kole SOČ, Bc. studentka VŠCHT
David Landl – obhájené Bc., Mgr. student KACh
Radek Žídek – obhájené Bc., Mgr. student KACh
Kristýna Beňová – obhájené Bc., Mgr. studentka FJFI
Kateřina Pešlová/Haladová – obhájené PhD., MU Vestec
Martina Mazurová – obhájené Mgr., učitelka SŠ
Jana Štrohalmová – obhájené Bc., farmaceutická firma
Antonín Knížek – obhájené Bc., PhD. student KFMCH, cena SSJMM za dipl. práci
Jiří Zahradník – úspěšná obhajoba PhD., BIOCEV, WI Izrael
Jana Michalová/Linhartová – obhájené Mgr., MD
Akce dokumentů