E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



Jak zadat analýzu

Použijte prosím google forms nebo exel kde vytvoříte tabulku podle tohoto vzoru :
https://docs.google.com/a/natur.cuni.cz/spreadsheet/ccc?key=0Alg_Lyk6N8andExCb0VxRkZKd1lQMXR0dFA4MzlTalE#gid=0 a tuto tabulkun asdílejte  nebo pošlete na e-mail: harant@natur.cuni.cz .

Preferujeme osobní předání  vzorků, ale je možné poslat vysušený gel poštou nebo vyříznuté spoty z gelu v ependorfkách. Pokud jsou vzorky předávány jinak než osobně, potvrdíme doručení  do objednávkové tabulky. Od přijetí vzorků dostanete do 10ti pracovních dnů výsledek analýzy. Ten bude vložen ve formě tabulky do objednávkového souboru. Zároveň vám bude zaslána zpráva z programu MASCOT v html formátu a vyúčtování.


Vzorky se nejdříve pokoušíme identifikovat přímo ze štěpné reakce  (upraveno z Shevchenko, 2006 ). Tato metoda je dostačující pro nadpoloviční většinu vzorků.  Pokud se identifikace nezdaří, je to nejčastěji kvůli malému množství proteinu nebo kontaminaci keratiny, popřípadě kombinací obojího. Vzorek je možné  zakoncentrovat a přečistit pomocí Ziptip špičky (stacionární C18 fáze  ve špičce),  takto zakoncentrovaný vzorek lze znovu analyzovat.

Pokud analýza znovu selže, lze vzorek rozdělit na nano HPLC a analyzovat jednotlivé frakce (typicky sběr 1 frakce za 18 s, sběr 45 frakcí). Touto cestou dosáhneme největšího zakoncentrování a přečištění vzorku.  U složitějších směsí navíc máme možnost zachytit i méně zastoupené štěpy, které při analýze celého vzorku zaniknou mezi více zastoupenými štěpy.

Každá tato operace vyžaduje manipulaci se vzorkem a jsme proto nuceni účtovat vyšší cenu – viz zadávací formulář. Většinou další zpracování vzorku navazuje na pokus o jednodušší způsob identifikace, proto není znovu účtováno štěpení, ale pouze cena zpracování a následného měření. Zadejte proto prosím ve formuláři, co vše si přejete se vzorkem udělat.
Do kolonky komentáře prosím vyplňte  taxonomické informace - tedy organizmus,  ze kterého vzorek pochází. Pokud se jedná o rekombinantní (tagovaný) protein, zadejte prosím jeho aminokyselinovou sekvenci. Pokud byly při přípravě vzorku  použity protilátky (např imunoprecipitace),  uveďte organizmus, z kterého pocházejí tyto protilátky.  V případě  proteinu exprimovaného v bakterii toto prosím uveďte.

 



Shevchenko A, Tomas H, Havlis J, Olsen JV, Mann M: In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes.
Nat Protoc 2006, 1(6):2856-60. PubMed Abstract | Publisher Full Text

Akce dokumentů