E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



PROTEOMICKÁ LABORATOŘ

Poskytování služeb a kurzů v oblasti izolace a separace bílkovin pomocí chromatografické separace a nativních či denaturujících systémů v jednorozměrné a dvourozměrné elektroforéze.

 

Nativní elektorforéza na polyakrylamidovém gelu (native PAGE)

Tato metoda patří mezi základní postupy užívané pro dělení proteinů či jiných náboj nesoucích molekul (např. DNA). Vzorek je aplikován na gel a vystaven působení elektrického pole, v němž jednotlivé molekuly migrují rychlostí úměrnou náboji, který nesou, čímž dochází k jejich separaci.

Polyakrylamidová elektroforáza v přítomnosti SDS (SDS-PAGE)

Denaturující polyakrylamidová elektroforéza nebo-li SDS-PAGE je obdobou předchozí metody, s tím rozdílem, že proteiny jsou v tomto případě děleny podle molekulové hmotnosti. Větší proteiny (s vyšší molekulovou hmotností) migrují gelem pomaleji než proteiny menší.

Horizontální izoelektrická fokusace (IEF)

Principem této metody je dělení proteinů podle jejich izoelektrického bodu neboli pI. Dělení bílkovin probíhá na gradientovém gelu, jehož pH se rovnoměrně mění od kyselého po alkalické. Proteiny migrují gelem, než dosáhnou oblasti s pH odpovídající jejich izoelektrickému bodu (pI). V tomto bodě je celkový náboj proteinu nulový, tudíž na něj elektrické pole již nepůsobí a protein dále nemigruje. Proteiny jsou tímto způsobem zaostřeny tedy zfokusovány do úzkých proužků. Tato metoda vyniká poměrně vysokou rozlišovací schopností.

Dvoudimenzionální elektroforéza (2D-PAGE)

2D-elektroforéza je kombinací izoelektrické fokusace a elektroforézy za přítmnosti SDS. V první rozměru (tedy prvním kroku) probíhá separace proteinů na základě rozlišného pI. V druhém rozměru se proteiny dělí kolmo k rozměru prvnímu a to podle své molekulové hmotnosti. Výsledkem je tedy dvourozměrná proteinová mapa.

 

Izolace proteinových spotů pomocí přístroje SpotCutter

Gely získané metodou 2D elektroforézy se nejprve analyzují pomocí programu PDQuest (Bio-Rad). Výstupní data jsou následně použita přístrojem SpotCutter (Bio-Rad) k automatické izolaci vybraných spotů (proteinů). V naší laboratoři nedisponujeme hmotnostním spektrometrem, jsou vzorky posílány na další analýzu do servisních laboratoří. Vzhledem k tomu, že použití tohoto přístroje vyžaduje „hands on“ zkušenost nabízíme specializované kurzy (např. kurz Proteomika, Proteomické praktikum).



Akce dokumentů