GENOMICKÁ LABORATOŘ

Poskytování služeb a kurzů v oblasti studia genové exprese metodami Real-time PCR a Microarrays.

454 sekvenační systém GS Junior

V laboratoři byl nově umístěn 454 sekvenační systém GS Junior. Udávaná kapacita sekvenátoru je asi 35 milionů bazí, tedy průměrně 10 000 čtených sekvencí o délce 400 bazí. Součástí systému je výkonný počítač vybavený softwarem pro analýzu sekvenačních dat. Během 3 dnů tak lze získat hotové sekvence menších genomů, bakteriálních transkriptomů (shotgun sekvenování) nebo získat sekvence několika desítek až stovek vzorků a lokusů (amplikonové sekvenování).

*Cena bez DPH: 10361Kč 
*21% DPH : 2176Kč 
*Cena vč. DPH: 12538Kč

*Uvedeny jsou přibližné ceny, které nezahrnují ceny kitů. Ti si zájemci obvykle hradí samotní. Pro konkrétní informace kontaktujte Petra Klempta (klemptp@natur.cuni.cz).

Izolace RNA

Kvalitni a nedegradovaná RNA je základem pro analýzu genové exprese. Izolaci RNA provádíme pomocí TRIzolu. Metoda je založena na separaci fází, které oddělují proteiny a DNA od RNA, jež extrahujeme z vodní fáze. Reverzní transkripcí RNA (RevertAidTM First Strand cDNA Synthesis Kit) získáme cDNA (complementary DNA).

Real-time PCR

Kvantitativní PCR (Real-time PCR) je vysoce citlivá a specifická metoda umožňující přesnou kvantifikaci RNA a DNA. Real-time PCR systém je založen na detekci a kvantifikaci fluorescenčního signálu. Signál vzrůstá přímo úměrně s množstvím PCR produktu v reakci.

Od 28.10.2013 je stanoven poplatek za každý běh na stroji LC480 na 160Kč (bez DPH). Vyúčtování běhů bude prováděno 2x ročně nebo na požádání. Poplatek bude uplatněn pouze na údržbu stroje.
Pro LightCycler 480 typ-B se mění způsob rezervace ze stávajícího zapisování do rezervačního sešitu na rezervaci pomocí google kalendáře (počínaje 28.10.2013). Pro přidání do tohoto rezervačního kalendáře kontaktujte Petra Klempta (klemptp@natur.cuni.cz). K tomuto využívejte ideálně fakultní email. adresu.

DNA microarray

Tato technologie je nejvíce využívána pro sledování genové exprese, lze ji využít také pro detekci mutací, analýzu genových polymorfismů atd. Na chemicky upravený povrch mikroskopckého sklíčka jsou naspotovány tisíce sond (ve formě oligonukleotidů nebo cDNA). K těmto sondám se komplementárně vážou fluorescenčně značené nukleové kyseliny z testovaného a referenčního vzorku. Porovnáním vazebných aktivit mezi těmito vzorky získáme přehled o změnách na úrovni genové exprese. Nutným předpokladem pro úspěch metody je vysoce kvalitní RNA.