Metody používané při výzkumu

• Běžné mikrobiologické metody jsou používané při manipulaci s bakteriálními kulturami (laboratorními kmeny i půdními izoláty) k zajištění přesně fyziologicky definované kultivace.
• Molekulárně genetické metody jako specifická i nespecifická mutageneze či konstrukce genomových knihoven jsou využívány pro hledání nových genů.
• Metody genetického inženýrství jsou využívány např. pro vytváření fúzí s reportérovými geny (beta-galaktosidáza, GFP) pro sledování aktivity promotorů in vivo, zahrnují dále klonování, PCR, Southern a Northern blotting.
• Dále používáme SDS-PAGE (1D i 2D), Western blotting, imunodetekci, qPCR pro sledování úrovní exprese genů a průtokovou cytometrii pro sledování exprese genů v subpopulacích.
• Světelná, fluorescenční i elektronová mikroskopie jsou další nezbytné techniky v mikrobiologii.
• Bioinformatická analýza dynamiky genomů u různých kmenů Bacillus subtilis a Stenotrophomonas, a analýza evolučních vztahů u vybraných genetických determinant nám slouží k nacházení různých souvislostí.

Vybavení Laboratoře

• Kultivační zařízení pro malo- i velkoobjemové kultivace bakterií
• Termocykler
• Zařízení na horizontální agarózovou elektroforézu
• 1D SDS-PAGE (+ detekční systémy)
• Zařízení na Southern, Northern, Western blotting
• Světelný mikroskop, laminární box, termostaty, centrifugy, hlubokomrazící box aj.
• Pro ostatní náročnější metodiky je využíváno vybavení biologické sekce.