Holotomografie u lasturnatek
Kdo je fascinován pohledem do mikrosvěta kapky vody z kaluže, bude stejně fascinován pohledem pod lasturky lasturnatek, které obývají (často v hojném počtu) téměř každou louži, rybník, tůňku a řeku. Jenže právě tyto lasturky (zdánlivě podobné lasturám mlžů) jsou příčinou toho, proč je pohled na vnitřní stavbu těchto mikroskopických korýšů obtížnější než u jejich příbuzných. Chceme-li tedy poznat anatomii lasturnatek, musíme buď využít metod klasické histologie, anebo na lasturnatky aplikovat moderní vizualizační metody rutinně známé například z medicíny anebo materiálového inženýrství. Jednou z těchto metod je například holotomografie, čili extrémně výkonný rentgen jehož výstupy jsou počítačově zpracovány podobně jako je tomu u počítačové tomografie (CT) v medicíně.
Díky holotomografii můžeme studentům nabídnout možnost "zalistovat" si v anatomii lasturnatek jako v knize a to prostřednictvím sérií virtuálních (nedeformovaných) řezů ve zcela unikátním rozlišení. Např. 1 mm velkou lasturnatku lze pomocí této speciální počítačové tomografie vizualizovat na přibližně 1000 virtuálních řezech s možností zvolit si libovolný úhel a orientaci pohledu všech řezů a to kdykoliv i po nasnímání zvířete.
Vzhledem k tomu, že holotomografie je pouze krátce k dispozici pro biologický výzkum, nabízí nám tento přístup možnost poodhalit stále dosud neprobádané oblasti anatomie lasturnatek.
Jednou z těchto oblastí je detailní stavba trávící soustavy, zejména zvláštní struktura v jícnu, která dokonce ani nemá české jméno.
V rámci nabízeného tématu můžu nabídnout
- ryze vědeckou práci a sice detailní popis struktur trávící trubice. Práce bude kombinovat histologická data (klasická metoda vizualizace) s moderními holotomografickými daty. V případě dlouhodobější spolupráce existuje u tohoto tématu potenciál na dálší fázi a to zapojení metod simulace pohybu na biomechanických principech a posunout se tak z deskriptivního přítstupu k více funkčně morfologickému.
- vědecko-didaktickou práci spočívající ve využití holotomografických (a v případě zájmu i histologických) dat ke zpracování anatomie a morfologie modelové lasturnatky obrazově, ale i terminologicky s důrazem na českou terminologii, která stále čeká na to, až ji někdo vymyslí.
Obě témata jsou do určité míry modifikovatelná a mohou se prolínat.
TECHNICKÉ VEDENÍ: Radka Symonová
ODBORNÝ MENTOR: Radka Symonová
OBTÍŽNOST: střední - vysoká
POČET STUDENTŮ: 1-3
POTŘEBNÁ VLASTNÍ TECHNIKA: počítač (stačí doma)
TECHNIKA K DISPOZICI: PC se specializovaným softwarem
-k dispozici jsou rovněž histologická data, existuje však možnost zpracovat si v histologické laboratoři katedry zoologie vlastní histologická data
ČASOVÝ PLÁN: celý akademický rok 2012 / 2013, možnost i dlouhodobé spolupráce
PRÁCE ZAHRNUJE: zpracování virtuálních řezů do 3D rekonstrukcí, integrace virtuálních a histologických řezů, příprava obrazových tabulí
MOŽNÉ VÝSTUPY: publikace o stavbě trávící soustavy lasturnatek, populárně naučná publikace o anatomii a obecné stavbě lasturnatek, video/animace shrnující dostupná data k anatomii lasturnatek a demonstrující jejich potenciál
KONTAKT: Radka Symonová, symonova@natur.cuni.cz, +420776121054
Akce dokumentů