Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Profesní zkušenosti

Marian Novotný vystudoval biologii na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Během doktorského studia (2002-2007) na Uppsalské univerzitě ve Švédsku se pod vedením Gerarda Kleywegta specializoval na bioinformatiku proteinových struktur. V roce 2005 získal Marie Curie Fellowshipna Evropském Bioinformatickém Institutu (EBI), kde pracoval ve skupině Janet Thornton. Po svém návratu do České republiky působí jako vědecký pracovník na katedře buněčné biologie PřF UK v Praze.

Vědecké zaměření

Marian Novotný nejraději tráví pracovní čas před obrazovkou počítače a pokouší se nalézt něco zajímavého v datech, které získali jiní lidé. Nejvíce jej fascinují 3D struktury makromolekul, ale nevyhýbá se ani sekvenční analýze. U strukturních dat se nejvíce zajímá o vztah mezi strukturou a funkcí proteinů, o kvalitu proteinových struktur a predikci 3D struktury proteinů homologním modelováním.

PhD studenti

Christos Feidakis

Přímá výuka a vedení prací (SIS)

Publikace (2005-2019)

Jendele, L., Krivak, R., Skoda, P., Novotny, M. & Hoksza, D. (2019).  PrankWeb: a web server for ligand binding site prediction and visualization. Nucleic Acid Research 47(W1), W345–W349.

Makki, A., Rada, P., Žárský, V., Kereïche, S., Kováčik, L., Novotný, M., Jores, T., Rapaport, D. & Tachezy, J.  (2019) Triplet-pore structure of a highly divergent TOM complex of hydrogenosomes in Trichomonas vaginalis. PLoS Biology 17(1): e3000098.

Králová, T., Albrecht, T., Bryja, J., Hořák, D., Johnsen, A., Lifjeld, J.T., Novotný, M., Sedláček, O,. Velová, H. & Vinkler, M. (2018). Signatures of diversifying selection and convergence acting on passerine Toll-like receptor 4 in an evolutionary context. Molecular Ecology  27(13): 2871-2883.

Gemperle, J., Hexnerová, R., Lepšík, M., Tesina, P., Dibus, M., Novotný, M., Brábek, J., Veverka, V. & Rosel, D. (2017). Structural characterization of CAS SH3 domain selectivity and regulation reveals new CAS interaction partners. Scientific Reports 7(1): 8057.

Hálová, M., Gahura, O., Převorovský, M., Cit, Z., Novotný, M., Valentová, A., Abrhámová, K., Půta, F. & Folk, P. (2017). Nineteen complex-related factor Prp45 is required for the early stages of cotranscriptional spliceosome assembly. RNA 23, 1512-1524.

Sima, M., Novotny, M., Pravda, L., Sumova, P., Rohousova, I . & Volf ,P. (2016). The diversity of yellow-related proteins in Sand Flies (Diptera:Psychodidae). Plos One 11(11), e0166191.

Vyklicky, V., Krausova, B., Cerny, J., Balik, A., Zapotocky, M., Novotny, M., Lichnerova, K., Smejkalova, T., Kaniakova, M., Korinek, M.,  Petrovic, M. Kačer, P., Horak, M., Chodounska, H. and Vyklicky, L. (2015). Block of NMDA receptor channels by endogenous neurosteroids: implications for the agonist-induced conformational states of the channel vestibule. Scientific Reports 5:10935.

Tatárová, Z., Brábek, J., Rösel, D. & Novotný , M. (2012). SH3 domain phosphorylation – sites, role and evolution. PloS One, 7(5):e36310.

Janostiak, R., Tolde, O., Bruhová, Z., Novotny, M., Hanks, S.K., Rösel, D. & Brábek J. (2011). Tyrosine Phosphorylation within the SH3 domain Regulates CAS Subcellular Localization, Cell Migration, and Invasiveness. Mol. Biol. Cell., 22(22), 4256-4267.

Rada, P., Doležal, P., Jedelský, P.L., Bursac, D., Perry, A.J., Sedinová, M., Smíšková. K., Novotný, M., Beltrán, N.C., Hrdý, I., Lithgow, T. & Tachezy, J. (2011). The Core Components of Organelle Biogenesis and Membrane Transport in the Hydrogenosomes of Trichomonas vaginalis. PLOS One, 6(9):e24428.

Kašný, M., Mikeš, L., Dolečková, K., Hampl, V., Dvořák, J., Novotný, M. & Horák, P. (2011). Cathepsins B1 and B2 of Trichobilharzia spp., bird schistosomes causing cercarial dermatitis. In: Robinson M.W., Dalton J.P. (ed.) Cysteine Proteases of Pathogenic Organisms.1st Edition., 2011, 222 p.; ISBN: 978-1-4419-8413-5.

Lin, X., Novotny, M., Söderhäll, K. & Söderhäll, I. (2010). Ancient cytokines, the role of astakines as hematopoietic growth factors. J. Biol. Chem. 285(37) , 28577-28586.

Paňková, K., Rösel, D., Novotný, M. & Brábek, J. (2010). The molecular mechanisms of transition between mesenchymal and amoeboid invasiveness in tumor cells. Cell Mol Life Sci. 67, 63-71.

Söderhäll, I., Wu, C., Novotný, M., Lee, B.L. & Söderhäll, K. (2009). A novel protein acts as a negative regulator of proPO activation and melanization in the freshwater crayfish Pacifastacus leniusculus. J. Biol. Chem. 284 (10), 6301-6310.

Smid, O., Matuskova, A., Harris, S.R., Kucera, T., Novotny, M., Horvatova, L., Hrdy, I., Kutejova, E., Hirt, R.P., Embley, M., Janata, J. & Tachezy, J. (2008). Reductive evolution of the mitochondrial processing peptidases of unicellular parasites Trichomonas vaginalis and Giardia intestinalis. Plos Pathogens, 4(12), e1000243

Ilina, Y., Sloma, E., Maciaszczyk-Dziubinska, E., Novotny, M., Thorsen, M., Wysocki, R. & Tamás, M.J. (2008). Characterization of the DNA binding motif of the arsenic-responsive transcription factor Yap8p. Biochemical J. 415, 467- 475.

Novotny, M. & Elias, M. (2008). cpRAS: a novel circularly permuted RAS-like GTPase domain with a highly scattered phylogenetic distribution. Biol. Direct 3, 21.

Novotny, M., Seibert, M. & Kleywegt, G.J. (2007). On the precision of calculated solvent-accessible surface areas. Acta Cryst. D, 63, 270-274.

Grahn, E., Novotny, M., Jakobsson, E., Gustafsson, A., Grehn, L., Olin, B., Madsen, D., Wahlberg, M., Mannervik, B. and Kleywegt, G.J. (2006). New crystal structures of human glutathione transferase A1-1 shed light on glutathione binding and the conformation of the C-terminal helix. Acta Cryst. D, 62, 197-207.

Novotny, M. & Kleywegt, G.J. (2005). A survey of left-handed helices in protein structures. J. Mol. Biol., 347,231-241.