Protokoly k metodám
- AFLP I. - reakce
- AFLP II. - precipitace produktů a příprava pro sekvenátor
- AFLP III. - analýza dat pomocí programu GeneScan Analysis v3.7
- Analýzou dat z fragmentační analýzy se rozumí identifikace jednotlivých peaků markeru (GS-500 ROX) a následné přiřazení délky (bp) všem identifikovaným peakům v jednotlivých barvách. Teprve zanalyzovaná data je možno dále načíst do programu Genographer.
- AFLP IV. - vyhodnocování dat v programu Genographer
- Data ze sekvenátoru, která byla analyzována (automaticky na počítači sekvenátoru nebo manuálně v programu GeneScan), můžeme pro jednoduché vyhodnocování importovat do programu Genographer.
- Sekvenování DNA
- Mikrosatelity (SSRs - simple sequence repeats)
- Jako mikrosatelity se označují repetitivní DNA sekvence, které jsou nejčastěji tvořeny opakováním mono-, di-, tri- nebo tetranukleotidů, např. (A)n, (AT)n, (ATA)n apod. Počet opakování jednotky (repetice) v konkrétním místě DNA (lokusu) definuje alelu. U diploidních jedinců tak můžeme odhalit dvě alely, u tetraploidních až čtyři atd. Délku alel(y) zjistíme PCR amplifikací daného lokusu pomocí primerů kompatibilních k okolním sekvencím. Délku PCR fragmentů pak zjistíme např. kapilární elektroforézou v automatickém sekvenátoru.
- PCR-RFLP
- RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) - protokol
- Metoda RAPD je jednou z metod založených na PCR. Využívá toho, že do amplifikace vstupuje pouze jeden arbitrární primer o délce deset nukleotidů. Princip metody je v tom, že se několikrát v celém úseku studované DNA stane, že primery nasednou na protiběžných řetězcích DNA v amplifikovatelné vzdálenosti od sebe (do cca 4 kb). V tuto chvíli je umožněna amplifikace části DNA mezi nimi.
- Dokumenty k protokolům a metodám
Akce dokumentů