E-mail | SIS | Moodle | Helpdesk | Knihovny | cuni.cz | CIS Více

česky | english Přihlášení



Dny pokročilých technik ve Viničné - DNA data management - software Geneious

Seminářem DNA DATA MANAGEMENT - sofwareGeneious pokračuje v pondělí 25. 6. 2012 projekt "DNY POKROČILÝCH TECHNIK VE VINIČNÉ 7" s cílem podpořit metodickou spolupráci v rámci Přírodovědecké fakulty a informovat o možnostech využití nejmodernějších metod a přístrojů.

Seminář povede Dr. Peter Meintjes, Biomatters Ltd, Auckland New Zealand

ve Viničné 7 v posluchárně B3 (Fotochemie) v přízemí vlevo, v pondělí 25. 6. 2012 od 14:00 hod

 

Na úvod semináře Laboratoř sekvenace DNA připravuje krátké shrnutí možností genetických analýz na naší fakultě i mimo ni.
Podrobné informace naleznete v příloženém souboru, s dotazy či příspěvky do diskuse se můžete obracet na adresu:
seqlab@natur.cuni.cz.


Geneious je balíkem nástrojů pro bio‐informatiku, díky kterému můžete manipulovat, vyhledávat, sdílet a objevovat biologická data jako jsou DNA sekvence, proteiny, fylogenetiky, 3D struktury atd.

Aplikace nabízí funkce jako skládání sekvencí, orientace a uspořádaní klonovaných segmentů DNA, návrh primerů a restrikční analýzu, fylogenetickou analýzu, přístup do biologické databáze, BLAST, prohlížení struktury proteinů, NCBI, EMBL a mnoho dalšího.

Software je již nějaký čas k dispozici na PřF UK formou tzv. serverových licencí (floating nebo concurrentlicenses), kterých máme zakoupeno 16. Cílem semináře je seznámit naši akademickou obec s možnostmi, které tento software nabízí, a prodiskutovat využití v konkrétních projektech.

Dr. Peter Meintjes nám napsal:
„We are very interested to come and visit youat Charles University, learnaboutyourresearch, get feedback fromyouaboutGeneious, learn more aboutyourbioinformaticresearchneeds and tellyou more abouttheexisting and futurefunctionalityofGeneious in a seminar.“

Program semináře bude sestaven z následujících témat:
• Automated database searching
• Genome alignment: Mauve and LastZ
• Phylogenetictreebuilding/treeviewing
• Processing NGS data: Trim, Separate& Pair
• Genome annotation: Glimmer and Phobos

Další témata nebude vzhledem k času možné detailně probrat, ale bude možné se na ně poptat v diskusi:
• Chromatogram editing/assembly
• Reference mapping, reference assembly& Variant (SNP) calling
• RNA‐seqmapping&findinglow/highexpressedcandidategenes
• De novo assembly& hybrid assembly
• Ion Torrent: Ampliconresequencingwithvalidatedvariants
• Primer management/Primer import/PrimerTesting
• Restrictionanalysis/in silicocloning/Gatewaycloning
• Microsatellite/Fragment analysis
• Geneious Server (high intensity computation, e.g.Genomics, Transcriptomics, Phylogenetics)

Budeme rádi, pokud si již předem připravíte příspěvek do diskuse nebo dotaz, případně krátké představení typu vašich dat tak, aby diskuse pro vás byla co nejpřínosnější. Příspěvky směřujte na seqlab@natur.cuni.cz.

Na úvod semináře Laboratoř sekvenace DNA připravuje krátké shrnutí možností genetických analýz na naší fakultě i mimo ni, zaměřenou především na cenu, rychlost a dostupnost.
Za Laboratoř sekvenace DNA srdečně zve Štěpánka Hrdá

.

 

Publikováno: Úterý 05.06.2012 13:50

Akce dokumentů