V základním a aplikovaném výzkumu se pracoviště geografické sekce věnují různorodým tématům, jako jsou geomorfologická ohrožení a rizika, obnovitelné zdroje energie, hydrologické extrémy a odtokový režim, znečištění vod a jejich ochrana, výzkum jezer, změny ve využívání krajiny, krajinná ekologie, problémy regionálního rozvoje vybraných oblastí, urbanizace a suburbanizace, proměny venkovské krajiny, vnitřní a zahraniční migrace, současné změny demografického chování obyvatelstva, populační prognózy, studium populačního klimatu a populační politiky, demografie romské populace, pořizování, zpracování a analýza geoinformačních dat nebo transformace geografického vzdělávání.

Stěžejním společným výzkumným programem pracovišť Geografické sekce UK PřF je výzkumný záměr "Geografické systémy a rizikové procesy v kontextu globálních změn a evropské integrace" (MSM 0021620831).

Ve výzkumných aktivitách geografických pracovišť hrají důležitou roli výzkumné týmy, které koordinují výzkumné aktivity v jednotlivých disciplínách a oborech. Ve výzkumných týmech se soustředí akademičtí pracovníci, postgraduální studenti i externí spolupracovníci, zabývající se řešením společných výzkumných otázek v rámci realizovaných projektů základního i aplikovaného výzkumu.

Katedry geografické sekce se aktivně věnují řešení mezinárodních i národních výzkumných projektů. Za zásadní považujeme zapojení do mezinárodních výzkumných projektů - jednotlivé katedry se účastní řešení řady zejména evropských výzkumných projektů, mj. 6. RP, projektů COST, INTERREG, IDEA, nebo ESA, stejně jako např. projektů NASA aj. Odborníci z geografických pracovišť řeší výzkumné projekty v různých regionech světa, mj. v oblastech Jižní Ameriky nebo Střední Asie, těžiště výzkumných aktivit je soustřěděno na oblast Evropy. Největší podíl na zajištění výzkumných  projektů mají národní projekty. Jde zejména o granty GAČR, GAAV, stejně jako projekty aplikovaného výzkumu VaV aj..