Tento fakt předurčuje roli katedře aplikované geoinformatiky a kartografie, která rozvíjí a zajišťuje širokou problematiku geoinformatiky na Přírodovědecké fakultě. Výzkumní a pedagogičtí pracovníci spolu se studenty doktorandského studia se převážně zabývají vývojem a užitím geoinformačních aplikací v mnoha přírodovědných oborech. 

Mezi další významné činnosti patří pořizování a organizace geografických prostorových dat. Tradiční kartografie, jež zajišťuje vhodnou mapovou podobou výsledků, zůstává nadále nedílnou součástí výzkumu a výuky.

Katedra zajištuje výuku magisterského studijního oboru kartografie a geoinformatika, předcházejícího bakalářského studijního programu geografie a navazujícího doktorského studijního programu. Výuka se převážně soustředí na oblast geoinformačních systémů, dálkového průzkumu Země, geodatabázových systémů, webových aplikací a kartografie.