Doktorské studium biomedicíny

Charakteristika oboru

Mikrobiologie se zabývá poznáním biologických procesů, probíhajících v mikroorganizmech na úrovni molekulární, organizmální a ekosystémové, které studuje specifickou metodou práce. Vzdělává absolventy k samostatné vědecké práci v oboru mikrobiologie.

Přednášky a kursy

Pokroky v mikrobiologii, 19.10.2006, MBÚ AV ČR, jednodenní přednáškový kurz.
Lékařská mikrobiologie, 1. LF UK, ZS,
Lékařská mikrobiologie, 3. LF UK, ZS,
Fyziologie bakterií, PřF UK, ZS
Vybrané kapitoly z bakteriologie PřF UK, ZS

Výzkumná témata řešená na pracovištích

molekulárně biologické studium regulace biosyntézy linkosamidových antibiotik
genetika ašlechtění průmyslových mikroorganizmů;
regulace proteosyntézy elongačním faktorem Ef-Tu a klíčení spór u streptomycet
mechanizmus rezistence k makrolidovým antibiotikům (MLS) u enterobakterií a mykobakterií
genové manipulace v koryneformních bakteriích produkujících aminokyseliny a v rhodokokách degradujících xenobiotika
genetická analýza bakterií degradujících xenobiotika.; odhad a predikce přirozeně probíhajících procesů v kontaminované zemině a spodních vodách
vztahy mezi strukturou a funkcí provázející molekulární mechnizmy penetrace a působení bakteriálních proteinových toinů v membráně
využití bakteriálních proteinových toxinů jako imunogenů a vektorů pro dopravu cizorodých antigenů a indukce specifické imunitní odpovědi
adaptace a signalizace bakteriální cytoplazmatické membrány v podmínkách environmentálního stresu

Příklady doktorských dizertací z mikrobiologie

Zkoumání role proteinu L24 při adaptaci na chladový šok B.subtilis
Molekulární determinanty rezistence k antibiotikům
Mikrobiální enzymy a jiné produkty v biotechnologiích
Role synthasy acetohydroxykyselin při biosyntéze aminokyselin s větveným řetězcem v Corynebacterium glutamicum
Objasnění vztahu struktury, funkce a mechanizmu průniku ACT bakterie Bordetella pertussis do biologických membrán
Komunikace mezi kvasinkovými koloniemi-analýza chování mutantních kmenů
Bakteriální proteinkinázy a jejich role v regulaci různých fyziologických procesů
Vztah struktury a funkce adenylat-cyklázového toxinu bakterie Bordetella pertussis
Studium membránové topologie a imunologického využití adenylát-cyklázového toxinu bakterie Bordetella pertussis
Mechanizmus průniku adenylát-cyklázového toxinu Bordella pertussis do buněk a jeho využití pro dopravu cizorodých antigenů a indukci imunitních odpovědí
Regulace exprese genu pga kmene E.coli RE3
Bartonella henseleae-molekulární principy virulence
Regulace syntézy a nadprodukce sideroforů u bakterií
Vztahy proteinů zúčastněných v biosyntetické dráze linkomycinu
Nové mikrobiální glykosidasy- biochemická a mikrobiologická charakterizace
Molekulární podstata změny vlastností acetolaktátsynthasy
Molekulárně genetické a imunologické změny borelií v průběhu lymské nemoci
Molekulární studium nekapsulárních antigenů Neisseria meningitis
Biotransformace sacharidu
Studium primární/vyšší struktury a nekovalentních interakcí virulenčních faktorů pathogenních bakterií pomocí hmotnostní spektrometrie

Požadavky oborové rady na publikační činnost doktorandů

1) povinné publikace před odevzdáním disertační práce (klasická forma disertace) - specifikovat
Dvě původní práce publikované nebo přijaté do tisku v časopisech s IF. Oborová rada vnímá tento požadavek jako doporučení. Jedná se o normu, která je standardně dodržována a překračována.
Ve zdůvodněném a mimořádném případě by naopak nižší publikační aktivita nemusela být na překážku obhajobě.
Tento případ nastal dosud jedenkrát, v r. 1997.

2) počet publikací (v případě odevzdání monotematického souboru publikací k obhajobě) a případné další požadavky na tyto publikace (např. typ časopisu)
Tři původní práce v časopisech s IF, na nichž je doktorand prvním autorem nebo pět původních prací v časopisech s IF, na dvou z nich v časopisech s IF, alespoň na dvou z nich je doktorand prvním autorem.

Oborová rada