Čas	25.06.2012 od 14:00 do 17:00
Přiložený soubor:	file.2012-06-04.7740453465
Přidat událost do kalendáře	vKalendář (Windows, Linux) iCal (Mac OS X)

Geneious je balíkem nástrojů pro bio‐informatiku, díky kterému můžete manipulovat, vyhledávat, sdílet a objevovat biologická data jako jsou DNA sekvence, proteiny, fylogenetiky, 3D struktury atd.

Aplikace nabízí funkce jako skládání sekvencí, orientace a uspořádaní klonovaných segmentů DNA, návrh primerů a restrikční analýzu, fylogenetickou analýzu, přístup do biologické databáze, BLAST, prohlížení struktury proteinů, NCBI, EMBL a mnoho dalšího.

Software je již nějaký čas k dispozici na PřF UK formou tzv. serverových licencí (floating nebo concurrent licenses), kterých máme zakoupeno 16. Cílem semináře je seznámit naši akademickou obec s možnostmi, které tento software nabízí, a prodiskutovat využití v konkrétních projektech.

Dr. Peter Meintjes nám napsal:
„We are very interested to come and visit you at Charles University, learn about your research, get feedback from you about Geneious, learn more about your bioinformatic research needs and tell you more about the existing and future functionality of Geneious in a seminar.“

Program semináře bude sestaven z následujících témat:
• Automated database searching
• Genome alignment: Mauve and LastZ
• Phylogenetic tree building/tree viewing
• Processing NGS data: Trim, Separate & Pair
• Genome annotation: Glimmer and Phobos

Další témata nebude vzhledem k času možné detailně probrat, ale bude možné se na ně poptat v diskusi:
• Chromatogram editing/assembly
• Reference mapping, reference assembly & Variant (SNP) calling
• RNA‐seq mapping & finding low/high expressed candidate genes
• De novo assembly & hybrid assembly
• Ion Torrent: Amplicon resequencing with validated variants
• Primer management/Primer import/Primer Testing
• Restriction analysis/in silico cloning/Gateway cloning
• Microsatellite/Fragment analysis
• Geneious Server (high intensity computation, e.g. Genomics, Transcriptomics, Phylogenetics)

Budeme rádi, pokud si již předem připravíte příspěvek do diskuse nebo dotaz, případně krátké představení typu vašich dat tak, aby diskuse pro vás byla co nejpřínosnější. Příspěvky směřujte na seqlab@natur.cuni.cz.

Na úvod semináře Laboratoř sekvenace DNA připravuje krátké shrnutí možností genetických analýz na naší fakultě i mimo ni, zaměřenou především na cenu, rychlost a dostupnost.
Za Laboratoř sekvenace DNA srdečně zve Štěpánka Hrdá