Koncepce a struktura sbírek je do značné míry předurčena jejich historickým vývojem, tím, z jakých význačných kolekcí byly a jsou sbírky budovány.

Počátky pražského univerzitního herbáře zasahají do roku 1775, kdy byl založen spolu s univerzitní botanickou zahradou profesorem J. G. Mikanem (1743-1814). Botanická zahrada včetně herbářů byla zpočátku na Smíchově (na její tehdejší umístění dnes upozorňují pouze názvy ulic V Botanice a Preslova, zbytky zahrady můžeme najít v podobě parčíku před dnešní Krajským úřadem Středočeského kraje). Z kurátorů botanické zahrady a herbářových sbírek v 19. století je nutno zmínit alespoň prof. V. F. Kosteleckého (1801-1887), za jehož čtyřicetiletého působení se jak botanická zahrada, tak herbář dostaly mezi přední evropská botanická pracoviště svého druhu. Smíchovská botanická zahrada byla ale poškozována občasnými povodněmi. A tak, poměrně záhy po rozdělení Univerzity na českou a německou část, byly oba nové botanické ústavy vybudovány na svazích nad pravým břehem Vltavy a postaveny dvě téměř totožné budovy (dnešní Viničná 5, kde sídlila německá univerzita včetně herbáře, a Benátská 2, kde byl botanický ústav české univerzity). Botanická zahrada byla tehdy rozdělena mezi německou a českou univerzitu, ale veškeré herbářové sbírky připadly univerzitě německé. Na české univerzitě vznikají sbírky nové, především díky činnosti prof. J. Velenovského (1858-1949) a prof. K. Domina (1882-1953) a jeho žáků. Za druhé světové války byly botanické sbírky německé i české univerzity společně evakuovány do provizorního depozitáře na zámku Kout na Šumavě, kde v důsledku nevhodných skladovacích podmínek došlo k poškození části sbírek. Když byla v roce 1945 zrušena německá univerzita, oba herbáře byly administrativně sloučeny a sbírkové předměty převezeny z válečného depozitáře do budovy Benátská 2. V následujícím období se desítky botaniků z řad pracovníků i studentů PřF UK zasloužili o postupné uvedení herbáře do stavu, v jakém mohl zase plně sloužit studentům i badatelům. Smutným momentem nedávné historie Herbářových sbírek je mocensko-administrativní zásah z r. 1987, kdy sbírky přicházejí o ca. třetinu ploch depozitářů. Z tohoto úderu, který zřejmě u podobně velkých a významných herbářů nemá ve světě obdobu, se Herbářové sbírky UK plně nevzpamatovaly dosud.

Způsob uložení historických fondů. Foto M. Hladík.

Současný stav sbírek

Za více než 230 let existence univerzitních herbářů se ve sbírkách shromáždilo přes 2 mil. sbírkových předmětů (kvalifikovaný odhad je ca. 2,2 mil.). Z původního složení sbírek dnes chybí pouze nevelká, ale významná paleobotanická kolekce obsahující především doklady k Velenovského práci (od r. 1987 je uložena ve sbírkách geologické sekce PřF UK).