Centrum pro výzkum dynamiky biodiverzity (UNCE)
Univerzitní Centrum pro výzkum dynamiky biodiverzity (UNCE 204016) sdružuje pracoviště a badatele zabývající se dynamikou biologické diverzity na všech úrovních, od genetické diverzity populací a související problematiky vzniku druhů a mezidruhové hybridizace, přes faktory ovlivňující diverzitu ekologických společenstev a její změny, až po evoluci diverzity v globálním měřítku a současné změny biodiverzity související s biologickými invazemi, klimatickými změnami a antropogenními vlivy. Jednotlivé týmy ze čtyř pracovišť PřF UK a Centra pro teoretická studia už v tomto oboru dosáhly špičkových výsledků, často studují obdobnou problematiku na různých skupinách organismů a mají komplementární expertizu. Cílem projektu je proto studium dynamiky biodiverzity integrovat a dále tak podpořit jeho excelenci. Vzhledem ke globální krizi biodiverzity jde o velmi aktuální téma s praktickými přesahy do ochrany přírody a managementu přírodních zdrojů. Projekt navazuje na předchozí aktivity v rámci končícího výzkumného záměru a centra základního výzkumu MŠMT („Centrum pro výzkum biodiverzity“). V činnosti centra jsou intenzivně zapojeni studenti, jsou využívány nejmodernějších instrumentálních i statistických metod a výstupy jsou publikovány ve špičkových mezinárodních odborných časopisech.
Hlavním řešitelem Centra byl do svého úmrtí v červnu 2013 prof. Vojtěch Jarošík. Tuto roli posléze převzal doc. Adam Petrusek a do řešitelského kolektivu přistoupil doc. Lukáš Kratochvíl.
Za první dva roky fungování se Centrum pro výzkum dynamiky biodiverzity může chlubit 128 publikacemi v impaktovaných časopisech, na kterých se podíleli "juniořští" řešitelé, dále jedním patentem, několika kapitolami v knihách a dalšími recenzovanými publikacemi, a v neposlední řadě i třemi potomky řešitelek. Detaily lze najít v textu průběžné zprávy projektu.
- Seznam publikací "juniorských" členů týmu
- Řešitelský kolektiv projektu
- Cíle a aktuálnost řešení
- Postup a předpokládané výstupy
- Mezinárodní spolupráce
- Přístrojové vybavení a připravenost pracovišt
Řešitelský kolektiv projektu:
Řešitelé - senioři: | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Jméno |
Příjmení | Titul | Pracoviště | |||
Adam |
Petrusek |
doc. RNDr., Ph.D. | Katedra ekologie | |||
Tomáš |
Herben |
prof. RNDr., CSc. | Katedra botaniky | |||
Jan |
Frouz |
doc. Mgr. Ing., CSc. |
Ústav pro životní prostředí | |||
Jan |
Suda |
doc. RNDr., Ph.D. | Katedra botaniky | |||
David |
Storch |
doc. RNDr., Ph.D. |
Centrum pro teoretická studia | |||
Lukáš |
Kratochvíl | doc. Mgr., Ph.D. |
Katedra ekologie | |||
Tomáš |
Albrecht |
doc. Mgr., Ph.D. |
Katedra zoologie | |||
Řešitelé – junioři: | ||||||
Jméno | Příjmení | Titul | Pracoviště | Rok narození | PhD. | V projektu od-do |
Zuzana | Münzbergová | doc. RNDr., Ph.D. | Katedra botaniky | 1977 | 2004 | I-XII / 2012 |
Ivan | Čepička | RNDr., Ph.D. | Katedra zoologie | 1978 | 2005 | 2012-2013 |
Jiří |
Reif | Mgr., Ph.D. |
Ústav pro životní prostředí | 1980 | 2008 | od 2012 |
Martin |
Čech | RNDr., Ph.D. |
Ústav pro životní prostředí | 1977 | 2006 | od 2012 |
Tomáš |
Fér | Mgr., Ph.D. |
Katedra botaniky | 1976 | 2008 | od 2012 |
Tomáš | Urfus | Mgr., Ph.D. | Katedra botaniky | od 2013 | ||
Linda |
Nedbalová | RNDr., Ph.D. | Katedra ekologie | 1976 | 2007 | 2012 - V / 2013 (MD) |
Martina | Pokorná | RNDr., Ph.D. | Katedra ekologie | od V / 2013 | ||
Jakub | Kreisinger | Mgr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1980 | 2009 | 2012 - XI / 2013 |
František | Šťáhlavský | RNDr., Ph.D. | Katedra zoologie | od 2013 | ||
Lukáš | Kubička | Mgr., Ph.D. |
Katedra ekologie | 1982 | 2010 | od 2012 |
Petr | Kuneš | RNDr., Ph.D. |
Katedra botaniky | 1977 | 2008 | od 2012 |
Radka | Reifová | RNDr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1979 | 2006 | od 2012 (I-XI / 2013 MD) |
Ondřej | Sedláček | RNDr., Ph.D. |
Katedra ekologie | 1977 | 2008 | od 2012 |
Pavel | Škaloud | Mgr., Ph.D. |
Katedra botaniky | 1980 | 2008 | od 2012 |
Martin | Fikáček | Mgr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1981 | 2010 | od 2012 |
Pavel | Hulva | RNDr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1975 | 2006 | od 2012 |
David | Hořák | RNDr., Ph.D. |
Katedra ekologie | 1979 | 2009 | od 2012 |
Jakub | Straka | Mgr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1981 | 2009 |
od 2012 |
Petr | Šípek | Mgr., Ph.D. | Katedra zoologie | od 2014 | ||
Jana | Kulichová (roz. Veselá) | Mgr., Ph.D. |
Katedra botaniky | 1982 | 2011 | 2012 - III / 2013 (MD) |
David | Svoboda | RNDr., Ph.D. | Katedra botaniky | od IV / 2013 | ||
Michal | Vinkler | RNDr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1983 | 2011 | |
Zuzana | Starostová | Mgr., Ph.D. |
Katedra zoologie | 1980 | 2009 | od 2012 |
Irena | Šímová | Mgr., Ph.D. | Centrum pro teoretická studia | 1982 | 2012 | od VI / 2012 |
Řešitelský tým
Mezinárodní spolupráce řešitelů projektu
Navrhovaný tým má rozsáhlou síť kontaktů se zahraničními vědeckými institucemi včetně prestižních univerzit v Evropě a USA, řada členů je nebo v minulosti byla řešiteli mezinárodních projektů. Níže jsou uvedeny některé vybrané kontakty jednotlivých členů řešitelského týmu, jež vedly mimo jiné ke společným publikacím ve významných impaktovaných časopisech v posledních pěti letech (příklady jsou uvedeny).
Interaktivní mapa spolupracujících pracovišť řešitelů projektu
Řešitelé – senioři:
- Vojtěch Jarošík: Lincoln University, Christchurch, Nový Zéland (třikrát PNAS a jedenkrát TREE a Ecology Letters v posledních dvou letech); Centre for Invasion Biology, Stellenbosch University, Jižní Afrika (dvakrát TREE v posledních třech letech), University of North Carolina, USA (jedenkrát Ecology Letters a PNAS v posledních třech letech)
- Tomáš Herben: Ben Gurion University a Jacob Blaustein Institutes of Desert Research, Izrael (modelování role aktivní odpovědi rostlin a její ekologické důsledky; Herben a Novoplansky 2008, 2010, Evolutionary Ecology); University of Michigan, USA (in silico analýza role rostlinných vlastností na jejich úspěšnost; Wildová et al. 2007 Oikos, Goldberg et al. 2008 Evolutionary Ecology); Stockholm University, Švédsko (metapopulační biologie rostlin v měnící se krajině, Herben et al. 2006, Journal of Ecology); Beijing University of Forestry, Čína (in silico analýza role rostlinných vlastností na jejich úspěšnost; Yu et al. in press, Ecological Modelling)
- Jan Frouz: University of Antwerp, Belgie (úloha půdní fauny v diversitě rekonstruovaných vřesovišť Frouz et al., 2009 Biodiversity and Conservation), University of Florida, USA (diversita a populační dynamika pakomárů, Frouz et al. 2009, Aquatic Ecology), Finnish Forest Research Institute METLA, Finsko (role mravenců v lesních ekosystémech Frouz & Finer 2007, Insectes Sociaux)
- Jan Suda: University of Guelph, Kanada (průtoková cytometrie jako metodologický nástroj v botanice, Kron et al. 2007, Annual Review of Ecology and Systematics), Macquarie University, Austrálie (mikroevoluce a velikost genomu jako fenotypický znak, Gallagher et al. 2011, Diversity And Distributions), University of Vienna, Rakousko (mikroevoluce a pleistocenní historie, Dixon et al. 2009 Molecular Phylogenetics And Evolution)
- David Storch: University of Sheffield, UK (makroekologie; Šizling et al. 2009, PNAS), NERC Centre for Ecology and Hydrology, UK (determinanty abundancí živočichů; Isaac et al. 2011, Biology Letters), University of Arizona, USA (determinanty globální biodiverzity dřevin; Šímová et al. 2011, Global Ecology and Biogeography), University of Leeds, UK (univerzální zákonitosti biodiverzity; Šizling et al. 2011, American Naturalist)
- Adam Petrusek: Katholieke Universiteit Leuven, Belgie (fylogenetické vztahy a diverzifikační procesy u modelových druhů korýšů; Mergeay et al. 2008, Molecular Ecology); Ludwig-Maximilians Universität, Mnichov, SRN (fenotypová plasticita a kryptická diverzita perlooček; Petrusek et al. 2009, PNAS; diverzita mikroparazitů zooplanktonních korýšů; Wolinska et al. 2011, Journal of Evolutionary Biology); Université de Poitiers, Francie (diverzita invazních druhů raků; Filipová et al. 2010, Biological Invasions)
- Tomáš Albrecht: University of Oslo, Norsko (evoluce fenotypu spermií u pěvců; Lifjeld et al. 2010, PLoS ONE); Auburn University, USA (mimopárové paternity u pěvců, Mays et al. 2008, Genetica); Swiss Institute of Bioinformatics a University of Bern, Švýcarsko (alternativní reprodukční strategie vrubozobých; Šťovíček et al. 2011, Conservation Genetics Resources)
- Lukáš Kratochvíl: Rutgers, Stare University of New Jersey (hormonální kontrola pohlavně dimorfních znaků ještěrů: Journal of Experimental Biology 2013, General and Comparative Endocrinolog 2013, Hormones and Behavior 2011); Jagiellonian University, Krakow (příčiny škálování metabolismu, velikost buněk: PLOS ONE 2013, American Naturalist 2009); University of Cambridge (evoluce určování pohlaví a uspořádání genomů plazů: Chromosoma 2011,2012)
Řešitelé – junioři:
- Zuzana Münzbergová: University of Stockholm, Švédsko (krajinná dynamika rostlin, Arvanitis et al. 2010, Ecology Letters; Ehrlén & Münzbergová 2009, American Naturalist aj.). University of Bern, Švýcarsko (lokální adaptace rostlin, Raabová et al. 2011, Basic and Applied Ecology; Raabová et al. 2009, Plant Biology; aj.)
- Ivan Čepička: Dalhousie University, Halifax, Kanada; University of British Columbia, Kanada; Univeristy of Arkansas, USA; University of Tsukuba, Japonsko (Pánek et al. 2011 Protist; Takshita et al. 2011, Protist; Kolisko et al. 2010 Environmental Microbiology, Yubuki et al. 2010, Journal of Eukaryotic Microbiology; Kolisko et al. 2008, BMC Evolutionary Biology; na společných publikacích jsou obvykle autoři z více zmíněných týmů)
- Jiří Reif: Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris, Francie (dynamika ptačích společenstev v období globálních změn; Reif et al. 2010, Bird Study, Devictor et al. in press, Nature Climate Change); Johannes Gutenberg Universität Mainz, SRN (prediktory populačních trendů středoevropských ptáků; Reif et al. 2011, Biological Conservation)
- Tomáš Fér: Universität Wien, Rakousko (evoluce ostrovních rostlin; Stuessy et al. 2006, Journal of Biogeography); Botanical Gardens, Singapur (evoluce rodu Curcuma, zázvorovité; Záveská et al. 2011, Botanical Journal of the Linnean Society); University of Michigan, USA (hybridizace rákosů; Snow et al. 2010, American Journal of Botany)
- Linda Nedbalová: National Botanic Garden of Belgium (diverzita a biogeografie polárních rozsivek; de Vijver et al. 2010, Diatom Research)
- Lukáš Kubička & Zuzana Starostová: Jagiellonian University, Kraków a University of Białystok, Polsko (vliv velikosti buněk na škálování metabolismu u gekonů čeledi Eublepharidae; Starostová et al. 2009, American Naturalist)
- Petr Kuneš: Aarhus University, Dánsko (změny interglaciální produktivity a dynamika vegetace; Kuneš et al. 2011, Journal of Biogeography), Linneus University Kalmar, Švédsko (rekonstrukce holocenního vegetačního krytu a interakce změn klimatu; Gaillard et al. 2010, Climate of the Past), Universität Göttingen, Německo; University of Plymouth, UK (pylové databáze a jejich využití, Fyfe et al. 2009, Vegetation History and Archaeobotany)
- Radka Reifová: University of Arizona, Tucson, USA (mechanismy speciace u slavíků; Reifová et al. 2011, BMC Evolutionary Biology; Storchová et al. 2010, Evolution)
- Ondřej Sedláček: University Turku, Finland (vliv nabídky potravy na reprodukční parametry a rodičovské chování u predátorů; Zárybnická et al. 2009, J Ornithol), Museum Alexander Koenig Bonn, Germany (složení společenstev drobných savců v rámci endemické oblasti Kamerunských hor; Riegert et al. 2008)
- Pavel Škaloud: Department of Biology, Københavns Universitet, Copenhagen, Dánsko (prostorová distribuce fytoplanktonu, Škaloud et al. 2006, Journal of Oceanography), Royal Botanic Garden Edinburgh, Velká Británie (kryptická diverzita a biogeografie krásivky Micrasterias fimbriata, Neustupa et al. 2011, Hydrobiologia)
- Martin Fikáček: University of Kansas, USA (biodiverzita, fylogenetické vztahy a biogeografie modelových skupin vodomilovitých brouků; Fikáček & Short 2010, Zootaxa); University of Bonn, SRN (fosilní záznam vodomilovitých brouků; Fikáček et al. 2010, Invertebrate Systematics)
- Pavel Hulva: Muséum National d’Histoire Naturelle Paris, Francie (fylogeografie a ostrovní biogeografie kryptických druhových komplexů netopýrů; Evin et al. 2011, Journal of Biogeography; Hulva et al. 2010, Molecular Ecology)
- Jakub Straka: Cornell University, Ithaca, USA (evoluce kukaččího chování u včel; Cardinal et al. 2010, PNAS)
- Jana Veselá: John Carroll University, USA (diverzita a ekologické preference rozsivek v malých vodních tocích; Veselá & Johansen 2009, Diatom Research)
- Irena Šímová: University of Arizona, Tucson, USA (vztah počtu druhů a dostupné energie, Šímová et al. 2011, Global Ecology and Biogeography), University of California, Irvine, USA (determinanty druhového bohatství vážek, Keil et al. 2008, Insect Conservation and Diversity)
Přístrojové vybavení a připravenost pracovišť
Katedry biologické sekce zapojené do navrhované projektu disponují kvalitním zázemím umožňujícím využití nejmodernějších přístupů pro výzkum diverzity nejrůznějších skupin organismů, od jednobuněčných organismů (řasy, prvoci) po vyšší rostliny a živočichy. Kromě vybavení pro terénní práci, jež je při studiu biodiverzity nezbytné (včetně dvou terénních vozů s náhonem 4x4, nafukovacího člunu s přívěsným motorem, zařízení pro odběr vzorků pro paleoekologické studie v terestrickém i vodním prostředí, multisondy pro automatizované měření fyzikálních a chemických parametrů vody apod.) jsou k dispozici molekulární laboratoře vybavené pro detailní analýzy DNA i proteinů, mikroskopovací pracoviště vybavená kvalitní optikou pro rutinní práci a další specializované laboratoře. Dále jsou k disposici dva velmi kvalitní cytometry pro studium ploidní úrovně i absolutní velikosti genomu. Neméně významnou infrastrukturou pro výzkum jsou herbářové sbírky a kultury mikroorganismů.
Dále jsou pro výzkum jednotlivých pracovních skupin intenzivně využívány společná servisní pracoviště sekce biologie PřF UK: laboratoř sekvenace DNA (umožňující sekvenaci i fragmentační analýzu), laboratoř elektronové mikroskopie (disponující rastrovacím i transmisním elektronovým mikroskopem), laboratoř konfokální a fluorescenční mikroskopie, genomická a proteomická laboratoř a laboratoř hmotnostní spektrometrie. U genomických metod se předpokládá provedení na zakázku u firem jako Roche, Pacific Biosciences aj., jak je u tohoto typu analýz obvyklé. V horizontu cca 3-4 let lze také předpokládat využití nově vybavované infrastruktury Biocentra a Globcentra v kampusu Albertov, jež dále posílí instrumentální zázemí pracovišť biologické sekce PřF UK.
Akce dokumentů