Katedra buněčné biologie
Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze

Kontakty

Katedra buněčné biologie

Univerzita Karlova v Praze

Přírodovědecká fakulta

vedoucí katedry:
RNDr. František Půta, CSc.
puta@natur.cuni.cz
+420 22195 1777
Viničná 7, místnost 43/44

sekretariát:
Dana Růžičková
cellbiol@natur.cuni.cz
tel. +420 221 951 761
fax. +420 221 951 758
místnost: 139B - Viničná 7

http://web.natur.cuni.cz/cellbiol

Fakulta v médiích

Lokalizace genové exprese ve vajíčcích Xenopus laevis pomocí qPCR tomografie

V časopise Methods vyšla v roce 2010 práce "Spatial expression profiles in the Xenopus laevis oocytes measured with qPCR tomography" , jejíž spoluautorkou je Monika Šídová, doktorandka naší katedry.

Článek je zaměřený na lokalizaci maternálně uložené mRNA v jednobuněčném systému, a to v oocytech žab Xenopus laevis. Studium utváření molekulárního gradientu mRNA je prostředkem k objasnění pochodů vedoucích k tvorbě tělního planů. Vysoko-rozlišovací kvantitativní PCR tomografie je zcela nová metoda, která slouží k určení lokalizace RNA v biologických vzorcích, popřípadě i v jednotlivé buňce.
Oocyty byly na kryostatu nařezány podél animálně-vegetální osy na 30um řezy, následovala izolace RNA a poté byla reverzní transkripcí připravena cDNA. Ke kvantifikaci 33 genů byla použita "high throughput" mikrofluidní qPCR platforma BiomarkTM (Fluidigm), kde na dynamickém čipu 48x48 bylo v jednom kroku kvatifikováno přes 2300 vzorků. Výsledkem je obraz prostorového rozložení maternálně uložené mRNA podél animálně-vegetální osy. Lokalizaci všech měřených mRNA lze rozdělit do dvou hlavních skupin - mRNA lokalizované v animální polovině oocytu a mRNA lokalizované ve vegetální polovině oocytu. Vegetální mRNA lze ještě navíc rozdělit na dvě podskupiny, u kterých lze pozorovat dva odlišné trendy gradientu. Zajímavé výsledky prostorové distribuce mRNA byly naměřeny rovněž u referenčních genů, které vykazují pouze animální gradient.

Akce dokumentů