Katedra buněčné biologie
Univerzita Karlova v Praze
Přírodovědecká fakulta
vedoucí katedry:
RNDr. František Půta, CSc.
puta@natur.cuni.cz
+420 22195 1777
Viničná 7, místnost 43/44
sekretariát:
Dana Růžičková
cellbiol@natur.cuni.cz
tel. +420 221 951 761
fax. +420 221 951 758
místnost: 139B - Viničná 7
Lokalizace genové exprese ve vajíčcích Xenopus laevis pomocí qPCR tomografie
Článek je zaměřený na lokalizaci maternálně uložené mRNA v jednobuněčném systému, a to v oocytech žab Xenopus laevis. Studium utváření molekulárního gradientu mRNA je prostředkem k objasnění pochodů vedoucích k tvorbě tělního planů. Vysoko-rozlišovací kvantitativní PCR tomografie je zcela nová metoda, která slouží k určení lokalizace RNA v biologických vzorcích, popřípadě i v jednotlivé buňce.
Oocyty byly na kryostatu nařezány podél animálně-vegetální osy na 30um řezy, následovala izolace RNA a poté byla reverzní transkripcí připravena cDNA. Ke kvantifikaci 33 genů byla použita "high throughput" mikrofluidní qPCR platforma BiomarkTM (Fluidigm), kde na dynamickém čipu 48x48 bylo v jednom kroku kvatifikováno přes 2300 vzorků. Výsledkem je obraz prostorového rozložení maternálně uložené mRNA podél animálně-vegetální osy. Lokalizaci všech měřených mRNA lze rozdělit do dvou hlavních skupin - mRNA lokalizované v animální polovině oocytu a mRNA lokalizované ve vegetální polovině oocytu. Vegetální mRNA lze ještě navíc rozdělit na dvě podskupiny, u kterých lze pozorovat dva odlišné trendy gradientu. Zajímavé výsledky prostorové distribuce mRNA byly naměřeny rovněž u referenčních genů, které vykazují pouze animální gradient.

